r - R基于带有环境向量的cmd函数绘制PCoA

Question

我需要基于具有环境向量的相异矩阵（vegdist，方法 Bray）制作 PCoA 图（cmd 比例）。

我得到了 cmd PCoA 图，但是，我不知道如何绘制环境变量的向量。

是否应该将它们放在单独的文件中。是否使用了 envfit 功能以及我是初学者如何？

如果有人可以一步一步地告诉我如何做到这一点，那就太好了。

谢谢你。

Answer 1

那里有很多免费的可用资源，并附有分步手册。例如vegan-vignettes、Roeland Kindt 的“树多样性分析”等等……

Borchard 的书（R 的数值生态学）也很不错。

这是一个启动器：

require(vegan)
data(dune)
data(dune.env)

str(dune)
str(dune.env)

# CMD
cmd <- cmdscale(vegdist(dune, method="bray"))
# Plot CMD
ordiplot(cmd)
# Fit environmental variables
fit_env <- envfit(ord=cmd, env=dune.env)

# plot environmental variables with p < 0.05
plot(fit_env, p.max = 0.05)

# add smooth surface for A1
ordisurf(cmd, dune.env$A1, add = TRUE)