python - 如何在 PyPy 上使用 Biopython？

Question

我知道 PyPy 在 Numpy 和 Biopython 中的其他东西方面存在问题，但并非所有 BioPython 模块都使用这些东西......有人知道如何将模块 Bio 导入和使用到 PyPy 中吗？

Answer 1

您应该能够像在常规 Python 版本中一样安装它。PyPy 已经包含在 Biopython 的集成测试中。

使用virtualenvwrapper的示例：

$ mkvirtualenv -p /usr/bin/pypy biopy
$ workon biopy
$ cd biopython  # or wherever your biopython directory is
$ python setup.py install
$ python -c 'import Bio'

如果您没有从上面的命令中看到任何错误消息，那么它应该可以工作。