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当我尝试编译任何代码时，我收到以下错误消息。下面是一个示例和来自 的输出sessionInfo()。该示例曾经有效，但我遇到了问题RcppArmadillo。所以我安装了for HPC版本的gfortran编译器，这是一个错误。当我尝试编译某些东西时，R 刚刚崩溃（CRAN 还警告 HPC 版本）。最后，我在这里安装了 CRAN 上的版本，但现在任何调用cppFunction或sourceCpp产生以下错误。我已经尝试卸载 gfortran、R、Rcpp 并重新安装它们。同样的错误。的输出gfortran -v有点令人困惑。有任何想法吗？

示例代码

require("Rcpp")
cppFunction('
    int add(int x, int y, int z) { 
      int sum = x + y + z;
      return sum;
    }'
)

错误信息

Error in dyn.load(context$dynlibPath) : 
  unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so':
  dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
  Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib
 in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

会话信息的输出

R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] Rcpp_0.10.1      boot_1.3-7       xtable_1.7-0     stringr_0.6.1   
[5] mi_0.09-18       arm_1.5-08       abind_1.4-0      R2WinBUGS_2.1-18
[9] coda_0.14-7      lme4_0.999999-0  Matrix_1.0-9     lattice_0.20-10 
[13] car_2.0-15       nnet_7.3-5       MASS_7.3-22      plyr_1.7.1      
[17] foreign_0.8-51  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.2   nlme_3.1-105  stats4_2.15.2 tools_2.15.2

编译器版本

> gcc -v
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00)
> gfortran -v
Using built-in specs.
Target: i686-apple-darwin8
Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran
Thread model: posix
gcc version 4.2.3
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不知何故，我最终得到了一个libstdc++.6.dylibin版本/usr/local/lib。当我使用 Rcpp 或内联编译某些代码并产生错误时，会选择此版本。好像覆盖了系统版本/usr/lib。目前，我只是重命名/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib为.../libstdc++.6-SAVE. 我不确定这是否会产生其他问题，但 Rcpp 再次运行并且?cfunction示例也有效！

编辑：它实际上仍然搞砸了。以下是解决当前 R 会话问题的步骤。/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib1）以不变的方式启动 R ，2）重命名/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib，3）愉快地使用Rcpp. 但是，当我现在重新启动 R 时，我仍然收到旧的错误消息。我必须再次完成这三个步骤才能使其在当前的 R 会话中工作。

于 2012-12-04T19:41:49.317 回答