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我从 R 中的数据框生成了一个排序图。数据框由站点（行）的物种（列）组成。矩阵中有一组“处理”位点和一组对照位点。但是，我计算排序的方式不需要矩阵中的其他变量（即没有明确的标识符说明站点是否“被处理”。问题：我可以在不构造分类变量的情况下按组标记图中的点吗？或者，我可以给处理行（例如行 1:7 一种符号和控制（例如 8:14）另一种类型吗？

这是一个例子：

#guess i don't have the reputation to post images...hmmm...

#looks something like this (first column is the site)  

#     spec1 spec2 spec3...spec14
#  1    0     1     0  ...    2
#  2    1     5     0  ...    0
#  3    0     2     1  ...    0  
#  .  
#  .  
#  .  
#  14  

# vegan package  
library(vegan)  

# example data matrix is 14x14, species names across columns, sites are numbered automatically upon import of txt file into RStudio  

data(example)  

#vegdist creates a distance matrix of sites  

example.dis <- vegdist(example) 

#monoMDS computes ordination of distance matrix  

example.mds <- monoMDS(example.dis) 

#plot it

这是我认为我可以修改图表的地方，但我不知道该怎么做 

plot(example.mds)
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是的，您可以使用外部变量来指定例如点的颜色。

这是一个例子：

# some data
require(vegan)
data(dune)
data(dune.env)

# vector holding the colors
cols <- c("red", "blue", "pink", "green")

# NMDS with bray-curtis distance
nmds <- metaMDS(dune, "bray", 2)

# empty plot
plot(nmds, type = "n")

# Add points colored by Environmental Variable Management
points(nmds, col = cols[dune.env$Management], pch = 16)

# add legend
legend("topright", legend=levels(dune.env$Management), col=cols, pch = 16)

在此处输入图像描述

于 2012-11-30T22:38:38.340 回答