2

快速提问——第一次使用 biopython，我只是想根据教程快速完成一些事情。

我似乎无法Entrez.efetch()返回给定文章的网格术语，唯一的方法似乎是我正在做的事情，即：

handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmids, rettype="medline", retmode="xml")
records = Entrez.read(handle)

其中 pmids 是pubmed ID的列表

这将返回以下内容：http: //pastie.org/5459700

我尝试根据http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/调整 rettype 和 retmode 参数，但没有成功。有什么明显的我失踪了吗？

4

2 回答 2

6

这对我有用：

from Bio import Entrez # install with 'pip install biopython'
from Bio.Entrez import efetch, read
Entrez.email = "your@email.com" # register your email

def get_mesh(pmid):
    # call PubMed API
    handle = efetch(db='pubmed', id=str(pmid), retmode='xml')
    xml_data = read(handle)[0]
    # skip articles without MeSH terms
    if u'MeshHeadingList' in xml_data['MedlineCitation']:
        for mesh in xml_data['MedlineCitation'][u'MeshHeadingList']:
            # grab the qualifier major/minor flag, if any
            major = 'N'
            qualifiers = mesh[u'QualifierName']
            if len(qualifiers) > 0:
                major = str(qualifiers[0].attributes.items()[0][1])
            # grab descriptor name
            descr = mesh[u'DescriptorName']
            name = descr.title()

            yield(name, major)

# example output
for name, major in get_mesh(128):
    print '{}, {}'.format(name, major)
于 2014-02-27T09:28:14.773 回答
2

这个问题最好在 Biopython 邮件列表或http://www.biostars.org/上提出。那里更有可能找到有 Entrez 经验的人。

问题是带有PMID 23165874的记录没有任何 MeSH 术语。将该记录的原始 XML 与具有 MeSH 术语的记录进行比较。后者有一个部分开始：

<MeshHeadingList>
  <MeshHeading>
    <DescriptorName MajorTopicYN="N">ADP Ribose Transferases</DescriptorName>
    <QualifierName MajorTopicYN="Y">genetics</QualifierName>
  </MeshHeading>
  <MeshHeading>
    <DescriptorName MajorTopicYN="N">Acinetobacter</DescriptorName>
    <QualifierName MajorTopicYN="Y">drug effects</QualifierName>
    <QualifierName MajorTopicYN="Y">genetics</QualifierName>
  </MeshHeading>
  ..

换句话说，很难得到不存在的东西。

于 2012-11-30T21:50:00.047 回答