我正在寻找一种使用通配符搜索和替换的班轮解决方案。
输入：
>sequence1
ATGCCAAACTGGAACT[A/T]ATTCAATGGCATGGACATAAATTC[A/C]ATACAATTACAAA
>sequnce2
ATCAAACCGGTATGTACATT[A,T/G]ATTCATTACTA
输出：
>sequence1
ATGCCAAACTGGAACTNATTCAATGGCATGGACATAAATTCNATACAATTACAAA
>sequnce2
ATCAAACCGGTATGTACATTNATTCATTACTA
我需要用 "N" 替换 "[" 和 "]" 之间的所有内容。数据长度可能会有所不同。我能够使用 awk 脚本找到该模式，但不知道如何替换它。请帮忙..
awk -F'[][]' '{for(i=2;i<=NF;i=i+2) print $i}' 1.fasta
我尝试的另一件事是 vi 编辑器
:%s/[.*\]/N/g
使用以上一个，它将所有“[A/T]ATTCAATGGCATGGACATAAATTC[A/C]”替换为 N
尝试这样做：
perl -pe 's/\[.*?\]/N/g' file.txt
解释（关于正则表达式）
s///是基本的替换骨架（对于perlor sed）：s/before/after/s///g：最后的g修饰符，表示所有出现\[: 表示 : 文字[（或其他任何反斜杠）.: 意思是:任何字符*表示：0 或 N 个字符?告诉最后一个正则表达式处于非贪婪模式也就是说，我有另一个有趣的解决方案：
perl -ne 'print join "N", split /\[.*?\]/;' file.txt
也许像这样更清楚？！（但还是一样）
perl -ne '
print join(
"N",
split(/\[.*?\]/)
);
' file.txt
只需添加另一个 awk 单行。您的目标是替换，无需使用 $x
awk '{gsub(/\[[^\]]*\]/,"N")}1' file
sed 's/\[[^]]*\]/N/g' file
编辑：按要求解释：
查找文字“[”（[），然后是零个或多个非“]”字符（[^]]*）的任何序列，然后是文字“]”（]），并将整个字符串替换为字母 N。在每条线上“全局”地进行。
这适用于 vi 编辑器：
%s/\[[^\]]*\]/N/g