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我正在尝试从程序 DL_POLY 4 的大型输出文件中提取信息，并将其制成一个更简单的文件，并针对某些可视化软件进行格式化。

假设有人已经编写了一个脚本来将大型 HISTORY 输出文件（基本上只包含大量文本）转换为 .xyz（扩展名是任意的），这是 VMD 处理的正确格式。（脚本创建者的完整文档可在此处获得：http ://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY_CLASSIC/FAQ/FAQ9.shtml ）

这是脚本（也可在线获得）：

#!/usr/bin/env python
import sys,string

atomList=['Si','Al','O_','O','H','C','Cl','Na','Zr','Y_','Mg','K','Ag','Ar']
inputFile=open(sys.argv[1],'r')
outFile=open(sys.argv[2],'w')

title=inputFile.readline()
line=inputFile.readline()

while(line!=""): 
if string.split(line)[0]=='timestep':
    timestep='step= '+string.split(line)[1]+'\n'
    totalAtom=string.split(line)[2]+'\n'    
    outFile.write(totalAtom)
    outFile.write(timestep)

if string.split(line)[0][:2] in atomList:
        atomName=string.split(line)[0][:2]+'\t'
    outFile.write(atomName)
    xyzline=inputFile.readline()
    outFile.write(xyzline)

line=inputFile.readline()

inputFile.close()
outFile.close()

我尝试将脚本保存为我命名为 his2xyz.py 的文件（在包含 HISTORY 文件的目录中）并通过 Python 运行，但这没有任何作用，也不会产生输出。

这个脚本看起来应该可以工作吗？

我想尝试编写自己的脚本，但老实说，我不知道该怎么做。

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该脚本有两个参数。第一个是输入文件，第二个是输出文件，所以你必须像这样运行它：

./his2xyz.py HISTORY the_output_file.xyz

编辑：您提到您将编写自己的脚本，但您不知道该怎么做。以下是一些生活建议：如果您不知道如何做某事，请咨询搜索引擎——但您知道这一点。如果你真的真的很想写一个脚本，你需要先学习 Python。市场上有很多为此目的的好书，但官方文档也写得很好。从教程开始，玩得开心！:-)

于 2012-11-28T16:26:23.760 回答