我正在尝试从程序 DL_POLY 4 的大型输出文件中提取信息,并将其制成一个更简单的文件,并针对某些可视化软件进行格式化。
假设有人已经编写了一个脚本来将大型 HISTORY 输出文件(基本上只包含大量文本)转换为 .xyz(扩展名是任意的),这是 VMD 处理的正确格式。(脚本创建者的完整文档可在此处获得:http ://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY_CLASSIC/FAQ/FAQ9.shtml )
这是脚本(也可在线获得):
#!/usr/bin/env python
import sys,string
atomList=['Si','Al','O_','O','H','C','Cl','Na','Zr','Y_','Mg','K','Ag','Ar']
inputFile=open(sys.argv[1],'r')
outFile=open(sys.argv[2],'w')
title=inputFile.readline()
line=inputFile.readline()
while(line!=""):
if string.split(line)[0]=='timestep':
timestep='step= '+string.split(line)[1]+'\n'
totalAtom=string.split(line)[2]+'\n'
outFile.write(totalAtom)
outFile.write(timestep)
if string.split(line)[0][:2] in atomList:
atomName=string.split(line)[0][:2]+'\t'
outFile.write(atomName)
xyzline=inputFile.readline()
outFile.write(xyzline)
line=inputFile.readline()
inputFile.close()
outFile.close()
我尝试将脚本保存为我命名为 his2xyz.py 的文件(在包含 HISTORY 文件的目录中)并通过 Python 运行,但这没有任何作用,也不会产生输出。
这个脚本看起来应该可以工作吗?
我想尝试编写自己的脚本,但老实说,我不知道该怎么做。