我无法阅读/创建有向图。我按照我在这里找到的步骤进行操作。
这是我的文本文件graph.txt：
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7 9
7 12
8 9
9 10
9 11
9 12
10 11
11 7
11 12
现在我读了这个graph.txt：
library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")
然后我绘制它：
plot(xlist)
但这不是我读入 xlist 的图表：
如您所见，在 1->2、1->3、5->10 等之间没有边。如何正确读取有向图？
完成此操作后，如何显示两个节点之间的所有最短路径？
这对我来说似乎很好用：
xlist<-read.table("graph.txt")
xlist <- graph.data.frame(xlist)
plot(xlist)
注意更改节点并将它们从零向上索引（不是在下面的@Sacha Epskamp 评论中R的最新更新中）。igraph使用：
plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)
你会看到你想要的名字。即1和2之间的边缘。
绘制最短路径的一种方法是使用get.all.shortest.paths，然后使用它来对图形进行子集化并对其进行过度绘制。有关我绘制生成树的类似示例，请参阅我对这个问题的回答。
错误的原因是边缘列表文件（即 format "edgelist"）从零开始对顶点进行编号。这在所有 igraph 版本中都是相同的，即使最近的 R igraph 包从一个开始编号顶点。
原因是我们希望 R igraph 与 Python igraph 和 C igraph 保持一致，就文件格式而言。即由 Python igraph 编写的文件（在本例中为边列表文件）被 R igraph 和 Python igraph 以相同的方式解释。从零开始的编号是文件格式的一个属性。
如果您已经有一个边列表文件，它以 1 开始对顶点进行编号，那不是 igraphedgelist文件格式，您需要通过简单地从每个顶点 id 中减去一个来转换它。
scan()一种解决方法是使用or read.table()(scan()更快，如果您有大文件，这可能很重要)读取文件，然后graph()直接调用。在这种情况下，您不需要减一，因为在 R igraph 中，顶点 ID 是从一开始编号的。