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Bowtie是 tophat 所需的程序。我需要这个程序来根据参考基因组映射几亿次读取。Bowtie 做映射部分，这需要很多 CPU。在 bowtie 的手册中有一个选项可以执行此多线程操作，但需要安装库 PThread。

我从这个网站下载了 PThread 。将其提取到我的程序文件夹中，打开一个 shell 并站在这个目录中。输入命令“make”时，出现此错误，我不知道如何解决。

如果 /bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -我。-我。-Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF ".deps/PThreadRun.Tpo" -c -o PThreadRun.lo PThreadRun.cpp; \

然后 mv -f ".deps/PThreadRun.Tpo" ".deps/PThreadRun.Plo"; 否则 rm -f ".deps/PThreadRun.Tpo"; 1号出口；菲

g++ -DHAVE_CONFIG_H -I。-我。-我。-Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF .deps/PThreadRun.Tpo -c PThreadRun.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/PThreadRun.o PThreadRun.cpp：在成员函数'pthread_t PThreadRun ：：开始（）'：

PThreadRun.cpp:28:38：错误：未在此范围内声明“redirectPthreadRun”

make: * [PThreadRun.lo] 错误 1

make: 离开目录`/install_dir'

make: * [all-recursive] 错误 1

make: 离开目录`/install_dir'

制作：* [全部] 错误 2

任何人都知道如何解决这个问题？

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您需要先运行配置。根据安装说明：

这些是通用安装说明。

包的每个目录中的configure' shell script attempts to guess correct values for various system-dependent variables used during compilation. It uses those values to create aMakefile'。它还可以创建一个或多个.h' files containing system-dependent definitions. Finally, it creates a shell scriptconfig.status'，您可以在将来运行以重新创建当前配置，以及一个文件config.log' containing compiler output (useful mainly for debuggingconfigure')。

它还可以使用一个可选文件（通常称为config.cache' and enabled with--cache-file=config.cache' 或简称为 `-C'）来保存其测试结果以加快重新配置。（默认情况下禁用缓存，以防止意外使用过时的缓存文件出现问题。）

如果您需要做一些不寻常的事情来编译包，请尝试弄清楚configure' could check whether to do them, and mail diffs or instructions to the address given in theREADME' 的方式，以便在下一个版本中考虑它们。如果您正在使用缓存，并且在某些时候 `config.cache' 包含您不想保留的结果，您可以删除或编辑它。

文件configure.ac' (orconfigure.in') 用于创建 configure' by a program calledautoconf'。您只需要 configure.ac' if you want to change it or regenerate使用较新版本的 `autoconf' 进行配置。

编译这个包的最简单方法是：

  1. cd' to the directory containing the package's source code and type ./configure' 为您的系统配置软件包。如果您使用csh' on an old version of System V, you might need to type sh ./configure' 来阻止csh' from trying to execute configure' 本身。

    运行“配置”需要一段时间。在运行时，它会打印一些消息，告诉它正在检查哪些功能。

  2. 输入“make”编译包。

  3. 或者，键入“make check”以运行软件包附带的任何自检。

  4. 键入“make install”来安装程序和任何数据文件和文档。

  5. make clean'. To also remove the files that您可以通过键入configure' created（以便您可以为不同类型的计算机编译包）从源代码目录中删除程序二进制文件和目标文件，键入make distclean'. There is also amake maintainer-clean' 目标，但这主要用于包的开发商。如果您使用它，您可能必须获得各种其他程序才能重新生成分发附带的文件。

于 2012-11-27T12:16:48.433 回答