我正在尝试使用大文件/矩阵（Windows Vista 64 位，4G RAM）在 R（2.15.0）中运行 for 循环。如果我对这个循环进行一次迭代，它工作正常。但是如果我在多个文件上运行循环（我想做数百个），我的内存就会用完。我试图在循环结束时删除文件，但它不会将内存返回给 Windows（正如我在 Windows 任务管理器中看到的那样）。似乎 R 试图从我的操作系统中获取越来越多的内存，而不是在删除文件后使用内部可用的内存。有什么解决方法吗？如果您需要有关研究问题的更多详细信息，我很乐意分享其余部分以找到合适的解决方案。
已经谢谢了！干杯，罗伯特
> library(VariantAnnotation)
> fi<-list.files("E:/1000genomes/chr22",full.names=T)
> for(i in 1:length(fi)) {
+ input=paste("smaller.00", i, ".gz", sep = "")
+ output=paste("geno.", i, ".RData", sep = "")
+ vcf = readVcf(input, "hg19")
+ genotypes=geno(vcf)$GT[,]
+ save(genotypes, file=output)
+ gc()
+ }
Error: scanVcf: Realloc could not re-allocate memory (873600000 bytes)
path: E:\1000genomes\chr22\smaller.002.gz
In addition: Warning messages:
1: In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) :
Reached total allocation of 3963Mb: see help(memory.size)
2: In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) :
Reached total allocation of 3963Mb: see help(memory.size)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 4543758 242.7 12363911 660.4 18010556 961.9
Vcells 19536404 149.1 61090604 466.1 119317584 910.4
如果我在脚本末尾删除东西：
+ save(genotypes, file=output)
+ rm(vcf)
+ rm(genotypes)
+ rm(input)
+ rm(output)
+ rm(getal)
+ rm(i)
+ }
Error: scanVcf: Calloc could not allocate memory (18 of 1 bytes)
path: E:\1000genomes\chr22\smaller.001.gz
In addition: Warning message:
In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) :
Reached total allocation of 3963Mb: see help(memory.size)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 2355472 125.8 10798339 576.7 16872405 901.1
Vcells 1992717 15.3 62280756 475.2 105556441 805.4
我在网上发现从命令提示符运行可能会起作用，所以我把脚本放在R-root目录下的“runthis.R”文件中并运行：Rscript.exe runthis.R --no-save --no -restore 它运行了一个额外的文件，然后报告了同样的错误。