bash - SGE 上的非法变量名，但不是本地的。

Question

我有一个运行 samtools mpileup 的简短 bash 脚本。它在本地运行良好，但是当我尝试在 SGE 上运行它时，我收到“非法变量名”反馈。

#!/bin/bash
for f in $(find /bed_files  -name '*.bed' )
do 
name=$(echo $f | awk 'gsub("/", "_")')
name2=$(echo $name | awk 'gsub("_bed_files_", "")')
name3=$(echo $name2 | awk 'gsub(".bed", "")')
samtools runs here 
done

SGE 变量语法与 bash 不同吗？

Answer 1

是的，我需要将第一行更改为：

 #$ -S /bin/sh