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我已经使用 Enthought Python Distribution(学术版)有一段时间了,但一直在尝试为一个项目安装一些额外的包,并且遇到了由于我对命令行相对缺乏经验而产生的问题。

这些是:

  • 科帕西
  • libSBML
  • 随机

最后一个很顺利,一个简单的python setup.py install,一切似乎都运行良好。但是 COPASI 和 libSBML 似乎都不起作用。

导入其中任何一个都会导致“ImportError:没有名为 COPASI/libsbml 的模块”。

我根据此处的说明安装了 libSBML。并使用此建议的解决方法使其与 Enthought 一起使用,但无济于事。对于 COPASI,我按照指示安装了 COPASI,并按照以下说明进行 Python 绑定:

一旦你下载了 Java 绑定的二进制包,你必须解压它。它将被解压到一个名为 copasi_python 的目录中。该目录包含本机库、python 文件、文档文件和许可证文件。它还包含一个名为 unittests 的目录,其中包含许多可用于检查绑定是否正常工作的单元测试。

要运行单元测试,您首先必须将 PYTHONPATH 环境变量设置为本机库和 COPASI.py 文件所在的目录。切换到 unittests 目录后,您会发现一个名为 runTests.py 的文件,它运行目录中的所有单元测试。

我编辑的 .bash_profile 文件现在看起来像这样:

export PATH="/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Current/bin:${PATH}"
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages
export PYTHONPATH=/Applications/COPASI/copasi35_python27_macosx107_x64:$PYTHONPATH

第一行是使 EPD 成为默认的 python 解释器,第二行是上面建议的解决方法的结果,第三行是根据 COPASI 的说明。知道我做错了什么吗?

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