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我目前正在尝试使用 python Dendropy 库并在我的代码中包含一些 PAUP 命令。

我正在使用python 库中提到的教程，但它给了我一个错误。

所以我正在做的是我试图从距离矩阵中估计一棵树：

距离矩阵 A（Numpy 数组）

[[ 0  2  7  8 16 17]
 [ 2  0  5  6 17 16]
 [ 7  5  0  9 15 13]
 [ 8  6  9  0 18 16]
 [16 17 15 18  0  5]
 [17 16 13 16  5  0]]

import dendropy
from dendropy.interpop import paup     

#A is a distance matrix like this    

tree = paup.estimate_tree(A, 'nj')

我得到的错误是：ImportError: No module named interpop

我在我的机器上安装了 PAUP，本教程没有讨论安装任何额外的模块。

任何帮助，将不胜感激。

编辑 这是否适用于 NUMPY 数组？因为它似乎给 numpy 数组一个错误.. 以及如何解决这个问题？

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1 回答 1

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尝试使用from dendropy.interop import paup（减去pin interpop）。我写错了两次写这个答案，所以如果这是错误的原因，那么这是可以理解的:)

于 2012-11-14T10:08:05.820 回答