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我想让Biopython能够读取PQR文件（修改后的PDB文件，占用率和 B 因子被原子电荷和半径替换）。

Biopython PDB 解析器无法读取 Bfactor，因为它通过 PDB 列索引（PQR 格式不支持）检索值。

标准 PDB 原子记录的示例：

ATOM      1  N   LEU     1       3.469  24.678   1.940  1.00 48.46           N

1.00 是占用率，48.46 是 bfactor

和 PQR ：

ATOM      1  N   LEU     1       3.469  24.678   1.940  0.1010 1.8240

0.1010 是电荷，1.8240 是半径

那么，如何避免"PDBConstructionException: Invalid or missing B factor"并正确解析电荷/半径值？

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由于 PQR 格式不再是标准 PDB 格式，您需要修改 Biopython PDB 解析器的源代码以满足您的需要。值得庆幸的是，Biopython 是开源的，并且PDB.PDBParser非常易读/易于修改。

提取数据

根据您提供的PQR 描述：

“由于使用了空格而不是特定的列宽和对齐方式，这种格式可能与 PDB 大相径庭。”

Biopython 的 PDB Parser 要求严格按照列宽来计算值。（对于 PDB 文件来说，值之间没有空格是完全有效的。）我认为你最好的选择是修改行数据的提取方式PDB.PDBParser，但保留大部分其他错误检查和Structure创建。由于字段将以空格分隔，因此您可以简单地使用line.split()创建参数列表，然后为这些参数指定有意义的名称。

从给定行解析数据后，您可能希望将其作为字段存储在 Atom 对象中）。原子被添加到结构中structure_builder。也许您可以修改init_atom()以将电荷和半径作为字段添加到PDB.Atom对象。

从哪儿开始

这是您要修改的源代码中的大致位置。

大纲

所以，从头到尾，这就是我要做的：

  1. 创建一个新StructureBuilder方法init_pqr_atom()（以 为模型init_atom()）创建一个新的 Atom 对象，charge在radius新的Atom. （也许您想创建一个PDB.PQRAtom继承的对象PDB.Atom？）。

  2. init()在方法中创建一个可选参数PDBParser，告诉解析器它是一个 PQR 文件（不是标准 PDB）：

    def __init__(self, PERMISSIVE=True, get_header=False,
         structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False):
  3. 传递is_pqr给_parse()，它传递给_parse_coordinates。
  4. 在 内_parse_coordinates，如果不是 PQR 文件（即使用默认的 PDB 列规范），则按正常方式解析数据。如果是 PQR，则基于空格分隔的格式解析数据（同样，Pythonstr.split()将从字符串中返回以空格分隔的项目列表）。
  5. 在结构中构建适当的Atom或PQRAtom对象，传入解析的值。
于 2012-11-14T17:13:35.157 回答