我正在尝试对具有 5000 列和 30 行的数据框进行 PCA
Sample <- read.table(file.choose(), header=F,sep="\t")
Sample.scaled <- data.frame(apply(Sample,2,scale))
pca.Sample <- prcomp(Sample.scaled,retx=TRUE)`
得到错误
Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'
sum(is.na(Sample))
[1] 0
sum(is.na(Sample.scaled))
[1] 90
尝试使用以下方法忽略所有 na 值
pca.Sample <- prcomp(na.omit(Sample.scaled),retx=TRUE)
这给出了以下错误
Error in svd(x, nu = 0) : 0 extent dimensions
有报道称 na.action 需要给出公式,因此尝试了以下方法
pca.Sample <- prcomp(~.,center=TRUE,scale=TRUE,Sample, na.action=na.omit)
现在收到以下错误
Error in prcomp.default(x, ...) :
cannot rescale a constant/zero column to unit variance
认为问题可能是因为“我的一个数据列是常数。常数的方差为 0,然后缩放将除以 0,这是不可能的。”
但不确定如何解决这个问题。非常感谢任何帮助....