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鉴于我的知识水平（或缺乏），我很欣赏这项任务可能有点雄心勃勃，但仍然如此。

我有一个包含 16 个字符串的列表，大约 3000 个项目长，其中每个字符表示另一个数字列表。不知道我是否说清楚了；它实际上是一个 16 个氨基酸长肽的列表，其中每个氨基酸（20 个中的 1 个）可以用 5 个数字表示。

我想遍历该列表（肽），然后为每个字符（氨基酸）添加相关的 5 个数字（如果你有兴趣，Atchley 因子）到一个数组，制作一个 3 维数组，我的轴是：肽（3000）x该肽中的氨基酸（16）x因子（5）的实例。

我难以置信地超出了我的深度，所以我不确定我所拥有的是否有用，但这里是（使用 numpy）：

array = np.empty(shape=(len(peptides),16,5)

for i in peptides:

    for j in str(i):

（在这一点上，我在论坛上搜索了很多不同的东西，最后得到了一些类似的东西，但我敢肯定，我什至错过了我在这里的目标）

    if j == 'A':    
            L16Afctrs = np.append([-0.59145974, -1.30209266, -0.7330651, 1.5703918, -0.14550842], axis=1)
    elif j == 'C':
            L16Afctrs = np.append([-1.34267179, 0.46542300, -0.8620345, -1.0200786, -0.25516894], axis=1)
    ...
    elif j == 'Y':
            L16Afctrs = np.append([0.25999617, 0.82992312, 3.0973596, -0.8380164, 1.51150958], axis=1)

就像我说的那样，我真的很挣扎，任何帮助将不胜感激。

编辑：澄清（希望）

我有一个大约 3000 个不同的 16 个字符串的列表，其中这些字符串中的每个字符表示另外 5 个数字。

我想生成一个 3 维数组或结构，由此我可以（最终）通过查看 3 维数组中的给定平面（我设想的维度是；原始字符串 x 16 个字符 x 5 个因子）。

我目前正在制作与@Winston 的帖子相关的不同字符的字典，然后尝试将其折叠成 3d 数组。

编辑2：成功！

温斯顿的修复效果很好！

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1 回答 1

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将数据存储在字典中：

DATA = {
    'A' : numpy.array([-0.59145974, -1.30209266, -0.7330651, 1.5703918, -0.14550842]),
    'B' : numpy.array([-1.34267179, 0.46542300, -0.8620345, -1.0200786, -0.25516894]),
    'D' : numpy.array([1.05015062, 0.30242411, -3.6559147, -0.2590236, -3.24176791])
    ...
}

使用 python 列表推导来构建所有这些列表，然后让 numpy 将该列表转换为 numpy 数组

counters = numpy.array([DATA[letter] for peptide in peptides for letter in peptide])

将数组重塑为您的 3D 尺寸，因为最后一步将有 2D 数组

counters = counters.reshape( len(peptides), 16, 5 )
于 2012-11-09T18:51:47.337 回答