r - 无处谋划

Question

我正在使用plotMDS()package 的功能，limma它通过 R 的简单plot()格式制作图，并将图上点的位置作为输出返回。我想使用 的输出plotMDS()来制作我自己的美丽情节。

有没有办法在plotMDS()没有真正生成情节的情况下运行？我这样问的原因是我已经将输出转换为 PDF 文件，我不希望原来的情节在plotMDS()那里！

Answer 1

谢谢@BenBolker，可以这样做：

pdf("Some file")
...
dev.new() # Putting new plots to nowhere
mds <- plotMDS(data)
dev.off() # Restoring new plots to the PDF file
plot(...) # Making the desired plot using mds
...
dev.off() # Closing PDF file

Answer 2

查看您的答案，这似乎是一个合理的选择：

mds <- plotMDS(data)
pdf("Some file")
...
plot(...) # Making the desired plot using mds
...
dev.off() # Closing PDF file

我不知道你在做什么，但如果你对可复制的文档感兴趣，那么你也可以使用这个knitr包来创建你的输出。很容易抑制单个绘图，然后稍后使用 knitr 绘图。