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我有一些非常大的文件，并且服务器空间不大，而且解压缩这些文件需要很长时间，所以我希望使用 zcat 作为函数的输入？

我一直在使用的是

$ zcat file1 | samtools view -bS > outputfile

file1 是压缩文件，而 outputfile 显然是 samtools 中视图函数的输出。samtools 的输入通常介于 -bS 和 >

我上面的东西不起作用，有什么帮助吗？谢谢

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您可能需要将“-”作为 samtools 的参数，以使其从标准输入而不是文件中读取：

zcat file1 | samtools view -bS - > outputfile
于 2012-11-06T14:43:17.453 回答
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文件是压缩的还是 GZipped 的？如果是前者，zcat 将不会执行该任务。您需要使用以下语法解压缩：

unzip -p file1 | samtools view -bS - > outputfile
于 2012-11-06T14:41:29.700 回答