open-source - 用于蛋白质折叠的开源 GPGPU 项目

Question

我正在寻找一个用于蛋白质折叠的开源 GPGPU 项目（CUDA/OpenCL）。你能给我一些建议吗？

谢谢

Answer 1

Folding@home 可能是迄今为止最大的基于 GPU 的蛋白质折叠项目。所以你可能会很好地使用他们使用的任何东西：Folding@home 开源常见问题解答。这似乎是 Gromacs 和OpenMM的自定义版本。

像这样的软件的完整列表在这里：GPU 上的分子建模。除了 GROMACS/OpenMM 之外，著名的软件包还包括 NAMD（自 1995 年以来一直存在）和 ACEMD。

这些可以分为分子动力学（使用经验势场）、从头算（使用量子力学）和混合。这些都不是蛋白质折叠特异性的，但大多数分子动力学软件包可以处理蛋白质折叠大小的问题。ab-initio 软件包还没有，但正在接近。