r - R热图中的颜色标签（文本）

Question

我正在尝试在 R 中制作一个热图，其中标签文本是彩色的（以指示数据点来自哪个组）。

我目前正在使用 heatmap.2，但很乐意使用另一个包。

heatmap.2(data.matrix(data),trace = 'none', dendrogram='none',ColSideColors=col)

这个调用给了我标签上的彩色条（ColSideColors），但我想让标签本身有颜色。

非常感谢！

Answer 1

您将需要创建一个包含该col.axis参数的新函数。这些是要使用的函数行：

# there were four long pages of code before this section:

axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexCol)
if (!is.null(xlab)) 
        mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexRow)

Answer 2

我最近遇到了同样的问题，最后我用mtext替换原来的axis. 以前的答案已经显示了axis绘制标签的语句。但是，col.axis只能指定一种颜色。要启用矢量颜色，

#    axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexCol )
mtext(side = 1, text = labCol, at = 1:nc, las = 2, line = 0.5,col = ClabColor, cex = cexCol)


#    axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexRow )
mtext(side = 4, text = labRow, at = iy, las = 2, line = 0.5,col = RlabColor, cex = cexCol)

另外，请记住向函数添加另外两个参数，ClabColor = "black", RlabColor = "black". 默认颜色为黑色。

您需要注意的另一件事是，矢量颜色应遵循标签的顺序，这些标签在您计算树状图时会被置换

Answer 3

由于缺乏评论权限，我无法回复lwz0203，但他们的代码并不完整。您需要添加以下行：

if(is.vector(RlabColor)) {
    RlabColor=RlabColor[rowInd]
}

（同样适用于 ClabColor）

if(is.vector(ClabColor)) {
    ClabColor=ClabColor[colInd]
}

在代码中的某个位置，否则当您使用颜色矢量时，您会得到与标签不匹配的颜色。向量 labRow 或 labCol 中的文本已经使用代码重新排序：

if (is.null(labRow))
    labRow <- if (is.null(rownames(x)))
        (1:nr)[rowInd]
        else rownames(x)
else labRow <- labRow[rowInd] 

所以我在同一个地方添加了 RlabColor 和 ClabColor 的重新排序。