r - 在 Sweave 中制作扁平化的 pdf

Question

所以我正在使用 Sweave 创建 pdf，其中包括一些上面有大量点的图表。我可以很好地获得 pdf，但它似乎已经创建了很多层，因此很难在 Acrobat 或 Reader 中打开文件。当我这样做时，我真的可以看到文件上加载的点。

有没有办法在 Sweave 中展平 pdf 以使其不那么笨重？

（请注意，我正在使用 RStudio。我知道我可能应该使用其他东西，但我还没有找到任何可以顺利运行的东西。）

Answer 1

没有必要为此切换到 Knitr，尽管这样做有很多好处。

一种解决方案是安排生成绘图文件，然后自己包含它，而不是依靠 Sweave 为您完成

<<gen_fig, echo=true, eval=true>>=
png("path/to/fig/location/my_fig.png")
plot(1:10)
dev.off()
@

\includegraphics[options_here]{path/to/fig/location/my_fig}

另一种选择是考虑带有“大量点”的图是否是一个有用的数字——你能看到所有的点吗？是兴趣点的密度吗？替代方法包括通过hexbin包进行绘图或生成点的二维密度并将其绘制为较低密度的点集。ggplot2包内置了很多这样的功能，参见例如stat__bin2d()或stat_binhex()示例。

Answer 2

正如已经提到的，您可能应该切换到knitr，这使得 pdf 和其他格式之间的交换变得更好。特别是，您应该查看：

• knitr 和 sweave 之间的过渡指南
• 全局选项：这样您就可以轻松地在 pdf、高分辨率 png 和低分辨率 png 之间进行切换。
• 缓存：仅在需要时生成数字。

以下是使用 PNG 设备的示例：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<gen_fig, dev='png'>>=
n <- 100000
DF <- data.frame(x=rnorm(n), y=rnorm(n))
plot(DF)
@

\end{document}

无需指定fig=TRUEfor knitr。如果包中的 PNG 设备的图像质量graphics不够，您可以轻松切换到其他 PNG 设备，例如dev='CairoPNG'或'Cairo_png'. 在 Sweave 中，您只需编写更多代码来做同样的事情。

Answer 3

正如加文所说，没有必要为此切换knitr，尽管这样做还有其他优势。但是，您甚至不需要编写自己的保存和包含代码；Sweave 可以为您做到这一点。如果初始文件是：

\documentclass{article}
\usepackage[american]{babel}
\begin{document}

<<>>=
n <- 100000
DF <- data.frame(x=rnorm(n), y=rnorm(n))
@

<<gen_fig, fig=TRUE>>=
plot(DF)
@

\end{document}

然后只需将参数更改为图形块，您就可以获得 PNG 而不是 PDF：

<<gen_fig, fig=TRUE, png=TRUE, pdf=FALSE>>=
plot(DF)
@

在这个简单的示例中，它将我的最终 PDF 从 685K 缩小到 70K。