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我正在使用 Python 和正则表达式来查找ORF（开放阅读框）。

查找子字符串 仅由以下字母ATGC（无空格或换行符）组成的字符串：

以 开头ATG，以TAGor结尾TAA，TGA并且应该考虑从第一个字符开始的顺序，然后是第二个字符，然后是第三个字符：

Seq= "CCTCAGCGAGGACAGCAAGGGACTAGCCAGGAGGGAGAACAGAAACTCCAGAACATCTTGGAAATAGCTCCCAGAAAAGC
AAGCAGCCAACCAGGCAGGTTCTGTCCCTTTCACTCACTGGCCCAAGGCGCCACATCTCCCTCCAGAAAAGACACCATGA
GCACAGAAAGCATGATCCGCGACGTGGAACTGGCAGAAGAGGCACTCCCCCAAAAGATGGGGGGCTTCCAGAACTCCAGG
CGGTGCCTATGTCTCAGCCTCTTCTCATTCCTGCTTGTGGCAGGGGCCACCACGCTCTTCTGTCTACTGAACTTCGGGGT
GATCGGTCCCCAAAGGGATGAGAAGTTCCCAAATGGCCTCCCTCTCATCAGTTCTATGGCCCAGACCCTCACACTCAGAT
CATCTTCTCAAAATTCGAGTGACAAGCCTGTAGCCCACGTCGTAGCAAACCACCAAGTGGAGGAGCAGCTGGAGTGGCTG
AGCCAGCGCGCCAACGCCCTCCTGGCCAACGGCATGGATCTCAAAGACAACCAACTAGTGGTGCCAGCCGATGGGTTGTA
CCTTGTCTACTCCCAGGTTCTCTTCAAGGGACAAGGCTGCCCCGACTACGTGCTCCTCACCCACACCGTCAGCCGATTTG
CTATCTCATACCAGGAGAAAGTCAACCTCCTCTCTGCCGTCAAGAGCCCCTGCCCCAAGGACACCCCTGAGGGGGCTGAG
CTCAAACCCTGGTATGAGCCCATATACCTGGGAGGAGTCTTCCAGCTGGAGAAGGGGGACCAACTCAGCGCTGAGGTCAA
TCTGCCCAAGTACTTAGACTTTGCGGAGTCCGGGCAGGTCTACTTTGGAGTCATTGCTCTGTGAAGGGAATGGGTGTTCA
TCCATTCTCTACCCAGCCCCCACTCTGACCCCTTTACTCTGACCCCTTTATTGTCTACTCCTCAGAGCCCCCAGTCTGTA
TCCTTCTAACTTAGAAAGGGGATTATGGCTCAGGGTCCAACTCTGTGCTCAGAGCTTTCAACAACTACTCAGAAACACAA
GATGCTGGGACAGTGACCTGGACTGTGGGCCTCTCATGCACCACCATCAAGGACTCAAATGGGCTTTCCGAATTCACTGG
AGCCTCGAATGTCCATTCCTGAGTTCTGCAAAGGGAGAGTGGTCAGGTTGCCTCTGTCTCAGAATGAGGCTGGATAAGAT
CTCAGGCCTTCCTACCTTCAGACCTTTCCAGATTCTTCCCTGAGGTGCAATGCACAGCCTTCCTCACAGAGCCAGCCCCC
CTCTATTTATATTTGCACTTATTATTTATTATTTATTTATTATTTATTTATTTGCTTATGAATGTATTTATTTGGAAGGC
CGGGGTGTCCTGGAGGACCCAGTGTGGGAAGCTGTCTTCAGACAGACATGTTTTCTGTGAAAACGGAGCTGAGCTGTCCC
CACCTGGCCTCTCTACCTTGTTGCCTCCTCTTTTGCTTATGTTTAAAACAAAATATTTATCTAACCCAATTGTCTTAATA
ACGCTGATTTGGTGACCAGGCTGTCGCTACATCACTGAACCTCTGCTCCCCACGGGAGCCGTGACTGTAATCGCCCTACG
GGTCATTGAGAGAAATAA"

我试过的：

# finding the  stop codon here 

def stop_codon(seq_0):

        for i in range(0,len(seq_0),3):
            if (seq_0[i:i+3]== "TAA" and i%3==0) or (seq_0[i:i+3]== "TAG" and i%3==0) or (seq_0[i:i+3]== "TGA" and i%3==0) :
                a =i+3

                break

            else:
                a = None

# finding the start codon here 

startcodon_find =[m.start() for m in re.finditer('ATG', seq_0)]

我怎样才能找到一种方法来检查起始密码子，然后找到第一个终止密码子。随后找到下一个起始密码子和下一个终止​​密码子。

我希望将其运行三帧。如前所述，三帧将序列的第一个、第二个和第三个字符作为开始。

此外，序列需要分成 3 的小部分。它应该是这样的：

ATG TTT AAA ACA AAA TAT TTA TCT AAC CCA ATT GTC TTA ATA ACG CTG ATT TGA

任何帮助将不胜感激。

我的最终答案：

def orf_find(st0):

    seq_0=""
    for i in range(0,len(st0),3):
        if len(st0[i:i+3])==3:
            seq_0 = seq_0 + st0[i:i+3]+ " "

    ms_1 =[m.start() for m in re.finditer('ATG', seq_0)]
    ms_2 =[m.start() for m in re.finditer('(TAA)|(TAG)|(TGA)', seq_0)]

    def get_next(arr,value):
        for a in arr:
            if a > value:
                return a
        return -1




    codons = []
    start_codon=ms_1[0]
    while (True):
        stop_codon = get_next(ms_2,start_codon)
        if stop_codon == -1:
            break
        codons.append((start_codon,stop_codon))
        start_codon = get_next(ms_1,stop_codon)
        if start_codon==-1:
            break

    max_val = 0
    selected_tupple = ()
    for i in codons:
        k=i[1]-i[0]
        if k > max_val:
            max_val = k
            selected_tupple = i

    print "selected tupple is ", selected_tupple

    final_seq=seq_0[selected_tupple[0]:selected_tupple[1]+3]

    print final_seq
    print "The longest orf length is " + str(max_val)



output_file = open('Longorf.txt','w')
output_file.write(str(orf_find(st0)))

output_file.close()

上面的 write 函数不能帮助我将内容写入文本文件。我进去的都是NONE..为什么会出现这个错误..有人可以帮忙吗？

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3 回答 3

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如果你想手动编码：

import re
from string import maketrans

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

def revcomp(dna_seq):
    return dna_seq[::-1].translate(maketrans("ATGC","TACG"))

def orfs(dna):
    return set(pattern.findall(dna) + pattern.findall(revcomp(dna)))

print orfs(Seq)
于 2014-07-30T12:24:57.707 回答
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正如您已将其标记为 Biopython，我想您知道 Biopython。你检查过文档吗？http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc231可能会有所帮助。

我稍微调整了上面链接中的代码以处理您的序列：

from Bio.Seq import Seq

seq = Seq("CCTCAGCGAGGACAGCAAGGGACTAGCCAGGAGGGAGAACAGAAACTCCAGAACATCTTGGAAATAGCTCCCAGAAAAGCAAGCAGCCAACCAGGCAGGTTCTGTCCCTTTCACTCACTGGCCCAAGGCGCCACATCTCCCTCCAGAAAAGACACCATGAGCACAGAAAGCATGATCCGCGACGTGGAACTGGCAGAAGAGGCACTCCCCCAAAAGATGGGGGGCTTCCAGAACTCCAGGCGGTGCCTATGTCTCAGCCTCTTCTCATTCCTGCTTGTGGCAGGGGCCACCACGCTCTTCTGTCTACTGAACTTCGGGGTGATCGGTCCCCAAAGGGATGAGAAGTTCCCAAATGGCCTCCCTCTCATCAGTTCTATGGCCCAGACCCTCACACTCAGATCATCTTCTCAAAATTCGAGTGACAAGCCTGTAGCCCACGTCGTAGCAAACCACCAAGTGGAGGAGCAGCTGGAGTGGCTGAGCCAGCGCGCCAACGCCCTCCTGGCCAACGGCATGGATCTCAAAGACAACCAACTAGTGGTGCCAGCCGATGGGTTGTACCTTGTCTACTCCCAGGTTCTCTTCAAGGGACAAGGCTGCCCCGACTACGTGCTCCTCACCCACACCGTCAGCCGATTTGCTATCTCATACCAGGAGAAAGTCAACCTCCTCTCTGCCGTCAAGAGCCCCTGCCCCAAGGACACCCCTGAGGGGGCTGAGCTCAAACCCTGGTATGAGCCCATATACCTGGGAGGAGTCTTCCAGCTGGAGAAGGGGGACCAACTCAGCGCTGAGGTCAATCTGCCCAAGTACTTAGACTTTGCGGAGTCCGGGCAGGTCTACTTTGGAGTCATTGCTCTGTGAAGGGAATGGGTGTTCATCCATTCTCTACCCAGCCCCCACTCTGACCCCTTTACTCTGACCCCTTTATTGTCTACTCCTCAGAGCCCCCAGTCTGTATCCTTCTAACTTAGAAAGGGGATTATGGCTCAGGGTCCAACTCTGTGCTCAGAGCTTTCAACAACTACTCAGAAACACAAGATGCTGGGACAGTGACCTGGACTGTGGGCCTCTCATGCACCACCATCAAGGACTCAAATGGGCTTTCCGAATTCACTGGAGCCTCGAATGTCCATTCCTGAGTTCTGCAAAGGGAGAGTGGTCAGGTTGCCTCTGTCTCAGAATGAGGCTGGATAAGATCTCAGGCCTTCCTACCTTCAGACCTTTCCAGATTCTTCCCTGAGGTGCAATGCACAGCCTTCCTCACAGAGCCAGCCCCCCTCTATTTATATTTGCACTTATTATTTATTATTTATTTATTATTTATTTATTTGCTTATGAATGTATTTATTTGGAAGGCCGGGGTGTCCTGGAGGACCCAGTGTGGGAAGCTGTCTTCAGACAGACATGTTTTCTGTGAAAACGGAGCTGAGCTGTCCCCACCTGGCCTCTCTACCTTGTTGCCTCCTCTTTTGCTTATGTTTAAAACAAAATATTTATCTAACCCAATTGTCTTAATAACGCTGATTTGGTGACCAGGCTGTCGCTACATCACTGAACCTCTGCTCCCCACGGGAGCCGTGACTGTAATCGCCCTACGGGTCATTGAGAGAAATAA")


table = 1
min_pro_len = 100

for strand, nuc in [(+1, seq), (-1, seq.reverse_complement())]:
    for frame in range(3):
        for pro in nuc[frame:].translate(table).split("*"):
            if len(pro) >= min_pro_len:
                print "%s...%s - length %i, strand %i, frame %i" % (pro[:30], pro[-3:], len(pro), strand, frame)

ORF 也被翻译。您可以选择不同的翻译表。查看http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec:translation

编辑：代码说明：

在顶部，我从您的字符串中创建了一个序列对象。注意seq = Seq("ACGT"). 两个 for 循环创建了 6 个不同的帧。内部 for 循环根据选择的翻译表翻译每一帧，并返回一个氨基酸链，其中每个终止密码子编码为*。该split函数拆分此字符串，删除这些占位符，从而生成可能的蛋白质序列列表。通过设置 min_pro_len，您可以定义要检测的蛋白质的最小氨基酸链长度。1是标准表。查看http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi#SG1在这里您可以看到起始密码子AUG（等于ATG）和结束密码子（核苷酸序列中的 *）是TAA, TAG,和TGA，就像你想要的那样。您还可以使用不同的转换表。

当你添加

print nuc[frame:].translate(table)

在第二个 for 循环中，您会得到如下内容：

PQRGQQGTSQEGEQKLQNILEIAPRKASSQPGRFCPFHSLAQGATSPSRKDTMSTESMIRDVELAEEALPQKMGGFQNSRRCLCLSLFSFLLVAGATTLFCLLNFGVIGPQRDEKFPNGLPLISSMAQTLTLRSSSQNSSDKPVAHVVANHQVEEQLEWLSQRANALLANGMDLKDNQLVVPADGLYLVYSQVLFKGQGCPDYVLLTHTVSRFAISYQEKVNLLSAVKSPCPKDTPEGAELKPWYEPIYLGGVFQLEKGDQLSAEVNLPKYLDFAESGQVYFGVIAL*REWVFIHSLPSPHSDPFTLTPLLSTPQSPQSVSF*LRKGIMAQGPTLCSELSTTTQKHKMLGQ*PGLWASHAPPSRTQMGFPNSLEPRMSIPEFCKGRVVRLPLSQNEAG*DLRPSYLQTFPDSSLRCNAQPSSQSQPPSIYICTYYLLFIYYLFICL*MYLFGRPGCPGGPSVGSCLQTDMFSVKTELSCPHLASLPCCLLFCLCLKQNIYLTQLS**R*FGDQAVATSLNLCSPREP*L*SPYGSLREI

（注意星号位于终止密码子位置）

编辑：回答你的第二个问题：

您必须返回要写入文件的字符串。创建一个输出字符串并在函数末尾返回它：

output = "selected tupple is " + str(selected_tupple) + "\n"
output += final_seq + "\n"
output += "The longest orf length is " + str(max_val) + "\n"
return output
于 2012-10-29T00:06:56.457 回答
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以类似的方式工作：

#!/usr/bin/python3

import re

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

Seq= """CATGCTCAGCGAGGACAGCAAGGGCCCATTTACAGGAGCATAGTAA"""

revcompseq = Seq[::-1].maketrans("ATGC", "TACG") #reverse complement

print (pattern.findall(Seq)) #forward search
print (pattern.findall(Seq[::-1].translate(revcompseq))) #backward search

它通过这个小演示序列为您提供以下结果：

['ATGCTCAGCGAGGACAGCAAGGGCCCATTTACAGGAGCA']
['ATGCTCCTG', 'ATGGGCCCTTGCTGTCCTCGC']
于 2021-11-12T19:30:30.407 回答