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我有一个大约 4000 行和 100 列的 data.matrix。我正在做一个数据的热图，例如：

data<-heatmap(data_matrix,Rowv=NA,Colv=NA,col=cm.colors(256),scale="column",margins=c(5,10))

但我遇到的问题是列中出现的标签过于分组，因此无法正确可视化它们。如何调整热图的大小以便查看列标签的值？我试图以pdf格式打印它，但它只出现一条黑色条纹。谢谢

我包括了一张热图，我想看到的部分是右侧的标签，但它们靠得太近了。 在此处输入图像描述

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首先，最好将输出直接放入 PDF 文件 - 您可以使用其他图像格式，但 PDF 是最好的，因为它是矢量输出，您可以随意缩放：

pdf("Your-file.pdf", paper="a4", width=8, height=8)

那么最好使用pheatmap（=漂亮的热图）包。除了热图之外，它还可以使用颜色键制作更好的热图。最后，尽管该pheatmap()函数会在您有很多行时尝试减小标签大小，但是对于非常多的行它会失败。因此，我将下面的代码用于非常高但不太高的行数：

library(pheatmap)   
library(gplots)
if (nrow(table) > 100) stop("Too many rows for heatmap, who can read?!")
fontsize_row = 10 - nrow(table) / 15
pheatmap(table, col=greenred(256), main="My Heatmap", cluster_cols=F, 
         fontsize_row=fontsize_row, border_color=NA)

您可以更改fontsize_col列标签。您有许多有趣的选项，例如display_numbers将值放在热图的单元格内。刚读?pheatmap。

这是由命令的默认参数生成的示例pheatmap()：

在此处输入图像描述

最后请注意，太多的行在显示器上很容易阅读，但对打印无用。

于 2012-10-26T23:52:17.877 回答
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在 Rstudio 中，您可以轻松调整图形窗口的大小，Rgui 也是如此。或者，如果您将绘图保存到文件中，您可以为您的图形使用更大的尺寸，例如在调用width或时更大。heightpdfpng

于 2012-10-26T14:09:45.993 回答
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您可以使用 cexRow = 和 cexCol =。

您可以在 ??heatmap.2 中获取更多信息

# Row/Column Labeling
margins = c(5, 5),
ColSideColors,
RowSideColors,
cexRow = 0.2 + 1/log10(nr),
cexCol = 0.2 + 1/log10(nc),
labRow = NULL,
labCol = NULL,
srtRow = NULL,
srtCol = NULL,
adjRow = c(0,NA),
adjCol = c(NA,0),
offsetRow = 0.5,
offsetCol = 0.5,
colRow = NULL,
colCol = NULL
于 2017-02-27T13:27:36.387 回答
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如果您使用pheatmap ( )，您可以通过调整参数https://www.rdocumentation.org/packages/COMPASS/versions/1.10.2/topics/pheatmap来展开这些标签。cellheight

如果您在 R notebook 中执行此操作，即使在运行代码时整个热图不会显示在输出窗口中，但当您使用filename 参数将热图保存到计算机时，pheatmap 会自动计算最佳大小输出文件，以便您的整个热图将显示在输出文件中。如果您不喜欢这个大小，您可以使用width和height参数进行调整，但您不太可能想要这样做。

于 2021-03-02T21:14:25.540 回答