python - 计数 DNA 序列串中的核苷酸

Question

我已经编写了这个函数，但它并没有像我想要的那样运行。请问有什么想法吗？我知道问题出在char定义上......

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    ''' (str, str) -> int

    Return the number of occurrences of nucleotide in the DNA sequence dna.

    >>> count_nucleotides('ATCGGC', 'G')
    2
    >>> count_nucleotides('ATCTA', 'G')
    0
    '''

    num_nucleodites=0

    for char in dna:
        if char is ('A'or'T'or'C'or'G'):
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1      
    return num_nucleodites

Answer 1

刚刚呢

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

（请注意，就家庭作业而言，这可能不会飞......）

Answer 2

根据您的一条评论，您似乎正在寻找一个以上核苷酸的重叠序列。这可以通过正则表达式来完成：

import re
def find_overlapping(needle, haystack):
    return len(re.findall("(?=" + needle + ")", haystack))

然后你可以像这样使用它：

>>> find_overlapping("AGA", "AGAGAGAAGAGAG")
5

Answer 3

你写的or条件不像你想的那样工作..它应该检查char它们中的每一个，然后用or它们来分隔它们，如下所示： -

if char is 'A' or char is 'T' ... so on:

但是，您可以使用in运算符来使用更好的方法。

尝试这个： -

for char in dna:
        if char in 'ATCG':
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1 

---

但是，由于您在您的文章question中说您只想要一个特定元素的计数，因此您不需要检查每个 char 和所有 4 个字符。这是您的代码使用基本 for 循环的样子：-

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    num_nucleotide = 0
    for char in dna:
        if char == nucleotide:
            num_nucleotide = num_nucletode + 1
    return num_nucleotide

要不就： -

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

Answer 4

string = "ATAGTTCATGTACCGTTGCAGGGGG"
print [(i,string.count(i)) for i in list("ACTG")]

Answer 5

if char is ('A'or'T'or'C'or'G'):

这是评估'A' or 'T'哪个返回'A'，然后检查是否char等于它 - 在 Python REPL 中尝试它：

>>> ('A'or'T'or'C'or'G')
'A'

我想你的意思是：

if char in ('A', 'T', 'C', 'G'):