谁能推荐一个可以进行交互式图形可视化的 Python 库？
我特别想要d3.js 之类的东西，但python理想情况下它也是 3D 的。
我看过：
- NetworkX - 它只做
Matplotlib情节，那些似乎是 2D 的。我没有看到任何形式的交互性，例如d3.js提供的交互性，例如拉动节点。 - graph-tool - 它只做 2D 绘图并且有非常慢的交互式图表。
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14 回答
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您可以使用d3py一个 python 模块来生成嵌入 d3.js 脚本的 xml 页面。例如 ：
import d3py
import networkx as nx
import logging
logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
G = nx.Graph()
G.add_edge(1,2)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(3,2)
G.add_edge(3,4)
G.add_edge(4,2)
# use 'with' if you are writing a script and want to serve this up forever
with d3py.NetworkXFigure(G, width=500, height=500) as p:
p += d3py.ForceLayout()
p.show()
于 2013-01-05T23:59:44.267 回答
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Plotly 支持交互式 2D 和 3D 绘图。图形使用 D3.js 渲染，可以使用Python API、matplotlib、ggplot for Python、Seaborn、prettyplotlib和pandas创建。您可以缩放、平移、打开和关闭跟踪，并在悬停时查看数据。绘图可以嵌入到 HTML、应用程序、仪表板和 IPython 笔记本中。下面是显示交互性的温度图。有关更多示例
，请参阅IPython Notebooks 教程库。
文档提供了支持的绘图类型和代码片段的示例。
具体到您的问题，您还可以从 NetworkX
制作交互式绘图。
对于使用 Python 进行 3D 绘图，您可以制作具有类似交互性的 3D 散点图、线图和曲面图。绘图使用 WebGL 渲染。例如，查看英国掉期利率的 3D 图表。
披露：我在 Plotly 团队。
于 2013-11-06T02:13:31.740 回答
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你看过文森特吗？Vincent 获取 Python 数据对象并将其转换为 Vega 可视化语法。Vega 是建立在 D3 之上的更高级别的可视化工具。与 D3py 相比，最近更新了 vincent repo。虽然这些例子都是静态的 D3。
更多信息：
图表可以在 Ipython 中查看，只需添加此代码
vincent.core.initialize_notebook()
或输出到 JSON，您可以在 Vega 在线编辑器 ( http://trifacta.github.io/vega/editor/ ) 中查看 JSON 输出图，或在本地 Python 服务器上查看它们。更多关于查看的信息可以在上面的 pypi 链接中找到。
不确定何时，但 Pandas 包应该在某个时候集成 D3。 http://pandas.pydata.org/developers.html
Bokeh 是一个支持交互式可视化的 Python 可视化库。它的主要输出后端是 HTML5 Canvas 并使用客户端/服务器模型。
于 2013-10-10T19:28:07.307 回答
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我使用的一个配方（在此处描述：Co-Director Network Data Files in GEXF and JSON from OpenCorporates Data via Scraperwiki 和 networkx）运行如下：
- 使用networkx生成网络表示
- 将网络导出为 JSON 文件
- 将该 JSON 导入到d3.js。（networkx可以导出d3.js可以导入的树和图形/网络表示）。
from networkx.readwrite import json_graph
import json
print json.dumps(json_graph.node_link_data(G))
或者，您可以将网络导出为GEXF XML 文件，然后将此表示导入sigma.js Javascript 可视化库。
from xml.etree.cElementTree import tostring
writer=gf.GEXFWriter(encoding='utf-8',prettyprint=True,version='1.1draft')
writer.add_graph(G)
print tostring(writer.xml)
于 2013-03-16T23:56:37.850 回答
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另一种选择是散景，它刚刚升级到 0.3 版。
于 2013-11-21T18:37:53.117 回答
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试试https://altair-viz.github.io/ - d3py 和 vincent 的继承者。也可以看看
于 2018-04-06T14:50:16.300 回答
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查看python-nvd3。它是 nvd3 的 python 包装器。看起来比 d3.py 更酷，并且还有更多图表选项。
于 2013-08-23T13:07:30.230 回答
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我建议使用 mpld3，它将 D3js javascript 可视化与 python 的 matplotlib 相结合。
安装和使用非常简单，它有一些很酷的插件和互动的东西。
于 2015-02-09T11:45:35.030 回答
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Plotly可以为你做一些很酷的事情
使用其离线 API 生成高度交互的图形，可以轻松地嵌入到您的私有服务器或网站的 HTML 页面中。
更新： 我确信它的 3D 绘图功能，因为 2D 图形很棒谢谢
于 2017-05-17T05:26:27.537 回答
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您还可以选择序列化您的数据，然后在 D3.js 中将其可视化，如下所示： 使用 Python 和 Pandas 创建 D3 强制定向网络图（它还附带一个jupyter 笔记本！）
这是要点。您以这种格式序列化您的图形数据：
import json
json_data = {
"nodes":[
{"name":"Myriel","group":1},
{"name":"Napoleon","group":1},
{"name":"Mlle.Baptistine","group":1},
{"name":"Mme.Magloire","group":1},
{"name":"CountessdeLo","group":1},
],
"links":[
{"source":1,"target":0,"value":1},
{"source":2,"target":0,"value":8},
{"source":3,"target":0,"value":10},
{"source":3,"target":2,"value":6},
{"source":4,"target":0,"value":1},
{"source":5,"target":0,"value":1},
]
}
filename_out = 'graph_data.json'
json_out = open(filename_out,'w')
json_out.write(json_data)
json_out.close()
然后使用 d3.js 加载数据：
d3.json("pcap_export.json", drawGraph);
但是，对于例程drawGraph，我建议您参考链接。
于 2018-06-13T09:06:22.550 回答
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NetworkX 有一个有趣的 Javascript 端口，可以满足您的需求。见http://felix-kling.de/JSNetworkX/
于 2012-10-24T22:31:11.497 回答
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该库d3graph将从 python 中构建一个力导向的 d3-graph。您可以根据边缘权重“破坏”网络，并将鼠标悬停在节点上以获取更多信息。双击一个节点将关注该节点及其连接的边缘。
pip install d3graph
例子：
source = ['node A','node F','node B','node B','node B','node A','node C','node Z']
target = ['node F','node B','node J','node F','node F','node M','node M','node A']
weight = [5.56, 0.5, 0.64, 0.23, 0.9,3.28,0.5,0.45]
# Import library
from d3graph import d3graph, vec2adjmat
# Convert to adjacency matrix
adjmat = vec2adjmat(source, target, weight=weight)
print(adjmat)
# target node A node B node F node J node M node C node Z
# source
# node A 0.00 0.0 5.56 0.00 3.28 0.0 0.0
# node B 0.00 0.0 1.13 0.64 0.00 0.0 0.0
# node F 0.00 0.5 0.00 0.00 0.00 0.0 0.0
# node J 0.00 0.0 0.00 0.00 0.00 0.0 0.0
# node M 0.00 0.0 0.00 0.00 0.00 0.0 0.0
# node C 0.00 0.0 0.00 0.00 0.50 0.0 0.0
# node Z 0.45 0.0 0.00 0.00 0.00 0.0 0.0
# Example A: simple interactive network
out = d3graph(adjmat)
# Example B: Color nodes
out = d3graph(adjmat, node_color=adjmat.columns.values)
# Example C: include node size
node_size = [10,20,10,10,15,10,5]
out = d3graph(adjmat, node_color=adjmat.columns.values, node_size=node_size)
# Example D: include node-edge-size
out = d3graph(adjmat, node_color=adjmat.columns.values, node_size=node_size, node_size_edge=node_size[::-1], cmap='Set2')
# Example E: include node-edge color
out = d3graph(adjmat, node_color=adjmat.columns.values, node_size=node_size, node_size_edge=node_size[::-1], node_color_edge='#00FFFF')
# Example F: Change colormap
out = d3graph(adjmat, node_color=adjmat.columns.values, node_size=node_size, node_size_edge=node_size[::-1], node_color_edge='#00FFFF', cmap='Set2')
# Example H: Include directed links. Arrows are set from source -> target
out = d3graph(adjmat, node_color=adjmat.columns.values, node_size=node_size, node_size_edge=node_size[::-1], node_color_edge='#00FFFF', cmap='Set2', directed=True)
泰坦尼克号案例的交互式示例可以在这里找到： https ://erdogant.github.io/docs/d3graph/titanic_example/index.html https://erdogant.github.io/hnet/pages/html/Use%20Cases .html
于 2020-06-23T06:53:23.283 回答
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我在这里有一个使用 Python 自动生成 D3.js 网络图的好例子：http: //brandonrose.org/ner2sna
很酷的是，您最终会得到自动生成的 HTML 和 JS，并且可以将交互式 D3 图表嵌入到带有 IFrame 的笔记本中
于 2017-07-11T17:04:30.713 回答