perl - 在 perl 脚本中使用 grep 并将输出通过管道传输到不同的文件

Question

我想打开一个标识符列表并在另一个文件中查找匹配项。为此，我使用 grep 作为每个脚本的系统函数。但我不确定我哪里出错了。你能帮我看看语法吗？感谢您的时间！

open F, "$ARGV[0]" or die;
while(<F>)
{
    `grep -A1 "$_" CAM_PROJ_BATS.read.fa > $_.txt`;
} 

Answer 1

如果您期待输出，您将看不到任何输出，因为您没有打印任何内容。添加打印语句以查看输出。（您可能不需要查看输出，但至少它会帮助您查看 grep 命令的错误）。

此外，输入文件的行末尾将有换行符。您可能不想将其传递给 grep。事实上，添加换行符甚至可能会打乱您在 shell 上的命令执行。用于chomp删除换行符。

use strict;
use warnings;

open F, "$ARGV[0]" or die "Can't open file: $!";
while(<F>)
{
    chomp;
    print `grep -A1 "$_" CAM_PROJ_BATS.read.fa > $_.txt`;
} 

（未测试，因为我没有 grep）。