0

我有一个非常可怕的算法来比较原子之间的距离，但是它不是我想要的。这是代码：

for k in ResListA:
  for n in ResListB:
    for m in ResListA[counter3].atoms:
        for z in ResListB[counter4].atoms:
            coordDist = distance.distance(ResListA[counter3].atoms[counter4],ResListB[counter2].atoms[counter1])
            counter1 = counter1 + 1
        counter1 = 0         
        counter4 = counter4 + 1 
    counter4 = 0
    counter2 = counter2 + 1
  counter2 = 0
  counter3 = counter3 + 1

基本上我想要最小的距离

ResListA[0].atoms[0,..,n]

ResListB[0,..,k].atoms[0,..,m]

来计算。但是，它计算

ResListA[0].atoms[0]

至

ResListB[0,..,k].atoms[0,..,m]

例如：

ResListA[N,P,C,N,C] ResListB[C,C][P,P]...

它应该是

距离(N,C) 距离(N,C) 距离(P,C) 距离(P,C)

不是

距离(N,C) 距离(N,C) 距离(N,P) 距离(N,P)

先感谢您。

4

2 回答 2

2

我认为你的代码可以写得更像这样。

for k in ResListA:
    for n in ResListB:
        for m in k.atoms:
            for z in n.atoms:
                coordDist = distance.distance(m.atoms, z.atoms)

不知道做什么distance.distance。你不应该做一些coordDist涉及的事情min()吗？

于 2012-10-18T22:25:29.380 回答
0

虽然 gnibbler 可能是正确的，因为这是您应该做的，这就是您当前的代码简化为：

for k in ResListA:
    for n in ResListB:
        for counter4, m in enumerate(k.atoms):
            for counter1, z in enumerate(ResListB[counter4].atoms):
                coordDist = distance.distance(m, n.atoms[counter1])

你的问题是你需要：

for z in ResListB[counter2].atoms:

代替

for z in ResListB[counter4].atoms:
于 2012-10-18T22:32:26.387 回答