当使用自我实现的 burrows-wheeler 算法转换文件时，我的程序在读取文件大小超过 59 kB 的文件时卡住了。基本上我在终端启动我的程序：
./BW encode 4 < test
其中 4 代表 4*1024 字节。如前所述，在处理文件大小低于 59 kB 的文件（原始数据、文本文件等）时，不会出现任何问题。
处理数据并发送到标准输出的代码：
void encodeBlock(unsigned char* str,long length){
unsigned int i, out_rownum;
unsigned char **str_matr, *out_str, *prnt_rt_str2, *prnt_rt_str1;
str_matr = (unsigned char**) calloc(length,sizeof(unsigned char*));
out_str = (unsigned char*) calloc(length+1,sizeof(unsigned char));
// make matrix with rotationstrings of str (by saving pointer to first character)
for(i=0;i<(unsigned int) length;i++){
str_matr[i] = &str[i];
}
// sorting matrix
glob_strt = &str[0];
glob_length = length;
qsort(str_matr,length,sizeof(unsigned char*),strCmpEnc);
out_str[length] = '\0';
for(i=0;i<(unsigned int) length;i++){
prnt_rt_str1 = printRotStr(length,&str[0],str_matr[i]);
prnt_rt_str2 = printRotStr(length,&prnt_rt_str1[0],&prnt_rt_str1[length-1]);
if(memcmp(str,prnt_rt_str2,length) == 0){
out_rownum = i;
}
out_str[i] = prnt_rt_str1[length-1];
}
printf("(%d ",out_rownum);
fwrite((unsigned char*) out_str, 1, length, stdout);
printf(")\n");
free(prnt_rt_str1);
free(prnt_rt_str2);
free(str_matr);
free(out_str);
}
和从标准输入接收数据的代码
void encode(unsigned short int num, unsigned int block_size){
long b_length,length;
unsigned char* buffer;
freopen(NULL, "rb", stdin);
buffer = (unsigned char*) calloc(block_size+1,sizeof(unsigned char));
length = fread((unsigned char*) buffer, 1, block_size, stdin);
if(length == 0){
// file empty
}else{
b_length = length;
printf("##B-W:%ld##\n",length);
while(length == b_length){
buffer[block_size] = '\0';
encodeBlock(buffer,length);
length = fread((unsigned char*) buffer, 1, block_size, stdin);
}
if(length != 0){
printf("##B-W:%ld##\n",length);
buffer[length] = '\0';
encodeBlock(buffer,length);
}
}
free(buffer);
}
当它被卡住时，它通常会终止并且屏幕上会出现“Killed”。我正在研究Linux操作系统。
使用 valgrind 的结果：程序卡住，我的整个系统挂起。我无法看到任何调试结果，因为我必须手动关闭系统。
更新：阻塞读取（59kB 之后）背后的原因是由于许多内存泄漏，堆上没有剩余空间。我解决了这个问题，最后阅读工作正常。