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genoset R 包具有通过将几个矩阵和一个指定坐标的 RangedData 对象放在一起来构建 GenoSet 的功能。

我有以下对象 - 三个矩阵，都具有相同的名称，以及以下格式的 RangedData 对象（称为 locData）。

               space                 ranges |
            <factor>              <IRanges> |
 cg00000957        1 [  5937253,   5937253] |
 cg00001349        1 [166958439, 166958439] |
 cg00001583        1 [200011786, 200011786] |
 cg00002028        1 [ 20960010,  20960010] |
 cg00002719        1 [169396706, 169396706] |
 cg00002837        1 [ 44513358,  44513358] |

但是，当我尝试创建 GenoSet 时，出现以下错误。

 DMRSet=GenoSet(locData,Exprs,meth,unmeth,universe=NULL)

.Call2("IRanges_from_integer", from, PACKAGE = "IRanges") 中的错误：无法从具有缺失值的整数向量创建 IRanges 对象。

我究竟做错了什么？我放在一起的所有对象都具有相同的行名，除了 IRanges 对象本身，我认为它没有行名，因为它不是矩阵。此外，locData 的“列”具有非整数字符。

谢谢！

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听起来你"locData"可能不是RangedData. 它也可以是一个GRanges. 无论哪种方式，您都需要命名所有参数。

一旦你克服了麻烦，底层的eSet班级就会对此感到不安。locData

DMRSet=GenoSet(locData=locData,exprs=Exprs,meth=meth,unmeth=unmeth,universe=NULL)

皮特

于 2012-12-13T03:14:48.253 回答