limma包是用于读取微阵列以及最近的 RNA-seq 实验结果和进行其他过程（如归一化、拟合线性模型、查找最高差异表达基因、绘制图等）的最佳 - 甚至是最佳 - 包之一。
我在read.ilmn()读取 illumina 结果的函数中有一个小问题：假设有一些注释列 - 即 ENTREZ_GENE_ID、REFSEQ_ID 等。除了表达式列之外，还需要读取这些列 - 即 PROBE_ID、SYMBOL、AVG_Signal 和 Detection.Pval - 以供以后分析。
我试图将这些列的名称作为通知该命令也读取这些列的annotation参数other.columns传递read.ilmn()，导致read.ilmn(). 最后，我不得不通过read.table()命令分别读取这些列，并手动将它们与read.ilmn()结果合并。
有没有更好的方法来执行任务？