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我有以下数据框，我想根据匹配的字符串从中提取行。

> GEMA_EO5
gene_symbol  fold_EO  p_value                           RefSeq_ID      BH_p_value
       KNG1 3.433049 8.56e-28              NM_000893,NM_001102416    1.234245e-24
      REXO4 3.245317 1.78e-27                           NM_020385    2.281367e-24
      VPS29 3.827665 2.22e-25                 NM_057180,NM_016226    2.560770e-22
    CYP51A1 3.363149 5.95e-25              NM_000786,NM_001146152    6.239386e-22
      TNPO2 4.707600 1.60e-23 NM_001136195,NM_001136196,NM_013433    1.538000e-20
      NSDHL 2.703922 6.74e-23              NM_001129765,NM_015922    5.980454e-20
     DPYSL2 5.097382 1.29e-22                           NM_001386    1.062868e-19

因此，我想根据 $RefSeq_ID 中的匹配字符串提取例如两行，这适用于以下内容：

> list<-c("NM_001386", "NM_020385")
> GEMA_EO6<-subset(GEMA_EO5, GEMA_EO5$RefSeq_ID %in% list, drop = TRUE)

> GEMA_EO6

gene_symbol  fold_EO  p_value RefSeq_ID    BH_p_value
      REXO4 3.245317 1.78e-27 NM_020385  2.281367e-24
     DPYSL2 5.097382 1.29e-22 NM_001386  1.062868e-19

但是有些行有几个用逗号分隔的 RefSeq_ID，所以我正在寻找一种通用的方法来判断 $RefSeq_ID 是否包含某个字符串模式，然后对该行进行子集化。

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2 回答 2

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要进行部分匹配，您需要使用正则表达式（请参阅 参考资料?grepl）。这是针对您的特定问题的解决方案：

##Notice that the first element appears in 
##a row containing commas
l = c( "NM_013433", "NM_001386", "NM_020385")

要一次测试一个序列，我们只需选择一个特定的 seq id：

R> subset(GEMA_EO5, grepl(l[1], GEMA_EO5$RefSeq_ID))
  gene_symbol fold_EO p_value                           RefSeq_ID BH_p_value
5       TNPO2   4.708 1.6e-23 NM_001136195,NM_001136196,NM_013433  1.538e-20

为了测试多个基因，我们使用|运算符：

R> paste(l, collapse="|")
[1] "NM_013433|NM_001386|NM_020385"
R> grepl(paste(l, collapse="|"),GEMA_EO5$RefSeq_ID)
[1] FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE  TRUE

所以

subset(GEMA_EO5, grepl(paste(l, collapse="|"),GEMA_EO5$RefSeq_ID))

应该给你你想要的。

于 2012-10-11T10:43:45.740 回答
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另一种方法是将重复条目识别RefSeq_ID为尝试在单个数据框中表示两个数据库表。所以如果原表是csv，则将数据规范化为两张表

Anno <- cbind(key = seq_len(nrow(csv)), csv[,names(csv) != "RefSeq_ID"])
key0 <- strsplit(csv$RefSeq_ID, ",")
RefSeq <- data.frame(key = rep(seq_along(key0), sapply(key0, length)),
                     ID = unlist(key0))

并认识到查询是表subset上的（选择）RefSeq，然后是merge与 Anno 的（连接）

l <- c( "NM_013433", "NM_001386", "NM_020385")
merge(Anno, subset(RefSeq, ID %in% l))[, -1]

导致

> merge(Anno, subset(RefSeq, ID %in% l))[, -1]
  gene_symbol  fold_EO  p_value   BH_p_value        ID
1       REXO4 3.245317 1.78e-27 2.281367e-24 NM_020385
2       TNPO2 4.707600 1.60e-23 1.538000e-20 NM_013433
3      DPYSL2 5.097382 1.29e-22 1.062868e-19 NM_001386

也许目标是与“主”表合并，然后

Master <- cbind(key = seq_len(nrow(csv)), csv)
merge(Master, subset(RefSeq, ID %in% l))[,-1]

或类似的。

于 2012-10-11T15:38:16.083 回答