r - R中数据框中的快速替换值

Question

我有一个 150,000 行的数据框，其中 2,000 列包含值，其中一些是负数。我将这些负值替换为 0，但这样做非常慢（约 60 分钟或更长时间）。

df[df < 0] = 0

df[,1441:1453]看起来像（所有列/值都是数字）：

  V1441 V1442 V1443 V1444 V1445 V1446 V1447 V1448 V1449 V1450 V1451 V1452 V1453
1     3     1     0     4     4    -2     0     3    12     5    17    34    27
2     0     1     0     7     0     0     0     1     0     0     0     0     0
3     0     2     0     1     2     3     6     1     2     1    -6     3     1
4     1     2     3     6     1     2     1    -6     3     1    -4     1     0
5     1     2     1    -6     3     1    -4     1     0     0     1     0     0
6     1     0     0     1     0     0     0     0     0     0     1     2     2

有没有办法加快这样的过程，例如我这样做的方式非常慢，并且有更快的方法吗？谢谢。

Answer 1

尝试将您的 df 转换为矩阵。

df <- data.frame(a=rnorm(1000),b=rnorm(1000))
m <- as.matrix(df)
m[m<0] <- 0
df <- as.data.frame(m)

Answer 2

m您的原始方法和当前答案都在创建时创建了一个与(或df)大小相同的对象m<0（矩阵方法更快，因为[<-与[<-.data.frame

您可以使用lapplyand replace，然后您只看一个向量或length (nrow(df))每次而不是复制太多

df <- as.data.frame(lapply(df, function(x){replace(x, x <0,0)})

上面的代码应该是相当高效的。

如果您使用data.table，则该方法的大部分内存（和）时间效率低下data.frame都会被消除。对于像您这样的大数据情况，这将是理想的选择。

library(data.table)
# this really shouldn't be 
DT <- lapply(df, function(x){replace(x, x <0,0)})
# change to data.table
setattr(DT, 'class', c('data.table','data.frame'))
# or 
# DT <- as.data.table(df, function(x){replace(x, x <0,0)})

您可以在所有列上设置键，然后通过引用替换小于 0 的键值

Answer 3

另一个 data.table 答案可能会更快，并且绝对应该消耗更少的内存。

library(data.table)
set.seed(108)
d = data.table(a=rnorm(1000),b=rnorm(1000))
set.colwise = function(x, i, j, value) {
  replace_dot_j = function(e, j) {
    if (is.symbol(e) && identical(e, as.symbol(".j"))) return(j)
    if (is.call(e)) {
      if (e[[1L]] == ".j") e[[1L]] = j
      for (i in seq_along(e)[-1L]) if (!is.null(e[[i]])) e[[i]] = replace_dot_j(e[[i]], j)
    }
    e
  }
  for (jj in j) eval(substitute(
    set(x, .i, .j, value),
    list(
      .i=replace_dot_j(substitute(i), jj),
      .j=jj
    )
  ))
  invisible(x)
}
d
set.colwise(d, i = which(d[[.j]] < 0), j = c("a","b"), value = 0)
d

.j参数中使用的符号i被迭代并替换为j参数中的列。