r - prop.test 对单个观察结果

Question

我有这样的情况：我生成了 1000 个由基因组成的随机列表（这里只报告了 4 个随机列表）。我检查了这个列表中有多少基因发生了突变。此处突变基因在 Mutated_genes 列中报告。这只是一个计数。预期为 p = 0.02（p 列）。

DFR

Mutated_genes    Tot         p
      29         1600        0.02
      27         1600        0.02
      30         1600        0.02
      8          1600        0.02

我想进行卡方检验。为此，我使用了以下代码：

prop.test(DFR$Mutated_genes, p = DFR$p, DFR$Tot, alternative="two.sided", conf.level=.99)

问题是它对整个矩阵执行卡方。事实上，输出是：

X 平方 = 10009.67，df = 1000，p 值 < 2.2e-16
备择假设：双侧

我希望每一行都有卡方值，所以对于每次观察。如何做到这一点？

提前致谢。

Answer 1

试试这个：

apply(DFR$Mutated_genes, 1, function(x) prop.test(x[1], p = x[3], x[2], 
      alternative="two.sided", conf.level=.99))

我希望这很好用。