r - 无法使用 R 中的 read.table 或 read.csv 读取带有“#”和空格的文件

Question

我有一个文件，其中第一行是标题。标题可以有空格和# 符号（也可能有其他特殊字符）。我正在尝试使用 read.csv 或 read.table 读取此文件，但它不断向我抛出错误：

undefined columns selected 

more columns than column names 

我的制表符分隔的 chromFile 文件如下所示：

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

命令：

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

我想首先寻找一种方法来读取文件，因为它不需要用其他可读符号替换空格或#。

Answer 1

从文档（?read.csv）：

comment.char字符：长度为 1 的字符向量，包含单个字符或空字符串。使用“”完全关闭注释的解释。

默认是comment.char = "#"给你带来麻烦的。按照文档，您应该使用comment.char = "".

标题中的空格是另一个问题，正如 mrdwab 所指出的，可以通过设置check.names = FALSE.

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)