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'sparcl' 包使用标准 'stat' 包中的 'kmeans' 函数。我想让它改用我自己的 kmeans++ 实现。

一种方法是编辑 sparcl 包本身的代码。我宁愿避免这种情况，因为它会很混乱，而且我不确定如何在 R 中安装编辑后的代码。

不幸的是，超赋值运算符“<<-”不起作用：

> kmeans <<- function(x) print("hi!")
Error: cannot change value of locked binding for 'kmeans'

“分配”也没有：

assign("kmeans",function(x) {print("HI THERE!"); return(FALSE)},pos="package:sparcl")
Error in assign("is.null", function(x) { : 
  cannot add bindings to a locked environment

那么编辑包代码是唯一的方法吗？

谢谢！

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如果您确实想在交互式会话期间编辑函数的主体（而不是其参数），您可以使用trace()，如下所示：

trace("kmeans", edit=TRUE)

然后，在弹出的编辑器中，编辑正文，使其看起来像这样（例如）：

function (x, centers, iter.max = 10, nstart = 1, algorithm = c("Hartigan-Wong", 
"Lloyd", "Forgy", "MacQueen")) 
{
    plot(rnorm(99), col = "red")
}

保存编辑的函数定义，然后退出编辑器。

回到 R 命令行，您可以查看编辑的函数并尝试一下：

body(kmeans)  # To view the tracing code
kmeans()      # To use the edited function

最后，要恢复到未编辑的功能，只需执行untrace("kmeans"). （我通常更喜欢使用trace()toassignInNamespace()和friends，因为untrace()它可以很容易地撤消更改。）

于 2012-10-05T15:37:50.793 回答
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进一步思考（并在重新阅读您的问题后），这是一个适合您的简单解决方案。

您需要做的就是将您编辑的版本分配给全局环境kmeans()中的符号kmeans。换句话说，在命令行执行以下操作：

kmeans <- function(...) plot(rnorm(99), col="red") # but using your own edits

## Then run an example from ?KMeansSparseCluster to see that it works.
library(sparcl)
x <- matrix(rnorm(50*300),ncol=300)
x[1:25,1:50] <- x[1:25,1:50]+1
x <- scale(x, TRUE, TRUE)
KMeansSparseCluster.permute(x,K=2,wbounds=seq(3,9,len=15),nperms=5)

这是有效的，因为KMeansSparseCluster()（和调用任何其他函数package:sparcl）kmeans 首先查找in namespace:sparcl，然后in imports:sparcl，然后in namespace:base，然后 in ，它会在它到达 in 之前.GlobalEnv找到您的重新定义。要自己看看，试试这个：kmeanspackage:stats

parent.env(asNamespace("sparcl"))
parent.env(parent.env(asNamespace("sparcl")))
parent.env(parent.env(parent.env(asNamespace("sparcl"))))
## etc., also wrapping any of the environments above in calls to ls() 
## to see what's in 'em

很好，使用的 stats 包中的函数kmeans()不会被您的版本中断，因为它们会kmeans在符号搜索进入全局环境之前在自己的命名空间中找到。

于 2012-10-05T17:14:20.467 回答