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这里对 Perl 完全陌生。无论如何，我被分配了一项任务，我在网上找到了一个 perl 模块，它完全符合我的要求。

矩阵

文档

这是 perl 模块的文档——在 Ext 下有一个叫做 pwmsearch 的文档，它完全符合我的需要。

所以我试着写一个脚本，开始是这样的：

#!/usr/bin/env perl -w

use strict; 
use TFBS::Ext::pwmsearch; #this was how the documentation said in synopsis part for pwmsearch so I figured this was how to do it

问题是我无法弄清楚我应该如何将对象传递给 pwmsearch。上面文档中显示的 pwmsearch 的源代码说它需要 $matrixobj 和 $seqobj，我已经将它们存储为文件矩阵和序列。

因此，在搜索了我可以尝试的内容之后，我尝试了以下操作：

pwmsearch('matrix','sequence');

或者

open FILE, 'matrix.txt' or die "Couldn't open file";
$matrix.=<FILE>
close FILE;

open FILE, 'sequence' or die "Couldn't open file";
$seq.=<FILE>
close FILE;
pwmsearch($matrix,$seq)

但是所有这些都使 perl 以各种错误对我咆哮。我做错了什么，我能做些什么来解决它们？

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以下是如何生成 pwm 矩阵对象的文档：http ://tfbs.genereg.net/DOC/TFBS​​/Matrix/PWM.html

use TFBS::Matrix::PWM;
my $matrixstring = <<ENDMATRIX
 0.61 -3.16  1.83 -3.16  1.21 -0.06
-0.15 -2.57 -3.16 -3.16 -2.57 -1.83
-1.57  1.85 -2.57 -1.34 -1.57  1.14
 0.31 -3.16 -2.57  1.76  0.24 -0.83
ENDMATRIX;
my $pwm_matrix_in = TFBS::Matrix::PWM->new(-matrixstring => $matrixstring,
                 -name         => "MyProfile",
                 -ID           => "M0001"
                );

PWMSearch 文档：http ://tfbs.genereg.net/DOC/Ext/pwmsearch.html

它需要五个输入变量：$matrixobj、$seqobj、$threshold、$start、$end，如果我没看错，最后 3 个是可选的。

seqobj 很可能是 Bio::Seq 兼容对象。从文件创建一个新对象：文档： http://metacpan.org/pod/Bio:: SeqIO

use Bio::SeqIO;
my $seqobj_in  = Bio::SeqIO->new(-file => "inputfilename" ,
                           -format => 'Fasta');


use strict; 
use TFBS::Ext::pwmsearch;
TFBS::Ext::pwmsearch::pwmsearch($pwm_matrix_in,$seqobj_in);

我希望这可以帮助你。

于 2012-10-04T08:34:25.827 回答