r - 使用 R 比较来自 2 个不同文件的列

Question

我有2个文件如下

文件 1：

Locus   S1  S2  S3
loc1    87  56  77
loc2    34  55  75
loc3    12  09  78
loc4    34  67  89
loc5    78  65  46

文件 2：

Locus   S1  S2  S3
loc3    13  43  34
loc5    43  56  90
loc7    89  56  33
loc1    56  88  00
loc4    66  77  98
loc2    34  44  66

我想比较/匹配两个文件中的“轨迹”列，这样，在“new_output 文件”中，我应该有来自 File1 的“轨迹”列的序列和来自 File2 的相应轨迹的值。

所以我的“new_output 文件”应该是这样的，

Locus   S1  S2  S3
loc1    56  88  00
loc2    34  44  66
loc3    13  43  34
loc4    66  77  98
loc5    43  56  90

我尝试过类似的东西，

file1 <-read.delim(file="file1.txt",header=TRUE,sep="\t")
file2 <-read.delim(file="file2.txt",header=TRUE,sep="\t")
new_output <- file1[file1$Locus %in% file2$Locus,]
write.table(new_output,file="new_output.txt",sep="\t")

但这并没有真正按照我想要的方式给我结果。谁能帮我这个？告诉我，我哪里出错了？

Answer 1

您可以使用该功能merge：

merge(file1["Locus"], file2, by = "Locus")

#  Locus S1 S2 S3
#1  loc1 56 88  0
#2  loc2 34 44 66
#3  loc3 13 43 34
#4  loc4 66 77 98
#5  loc5 43 56 90

Answer 2

你很亲密。而不是%in%，使用match：

new_output <- file2[match(file1$Locus, file2$Locus), ]

您还可以做的是Locus用作行名：

file1 <-read.delim(file = "file1.txt", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
file2 <-read.delim(file = "file2.txt", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
new_output <- file2[rownames(file1$Locus), ]