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我试过搜索和尝试一切。我的系统中安装了 bowtie、samtools 和 libbam-dev。运行./configure时出现此错误：

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

如何解决此错误并安装 tophat？

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SAMtools 必须正确打包，否则 TopHat 无法使用它们。所以：

  1. 首先从源代码构建 BAM。从http://samtools.sourceforge.net/获取。
  2. 选择 BAM 安装文件夹（我将其称为下面的安装）。
  3. 复制所有 C 头文件以安装/ include/bam。
  4. 复制libbam.a到install / lib。
  5. 将samtools二进制文件放在您的路径上。
  6. 对于 TopHat，尝试./configure --with-bam= install
  7. 如果由于某种奇怪的原因这不起作用，请在运行./configure之前尝试 export BAM_ROOT= install。
于 2012-10-02T13:39:46.353 回答