我在找出基因本体术语的级别和类型的正确定义方面遇到了问题。
我知道 GO 术语的 Type 与 isA 图相关，而不考虑 partOf 关系。但是当我遇到以下情况时，我仍然感到困惑：
查找级别时：
如果我有 GO:123 （假设它是根）指向 GO:345 和术语 GO:567 在两个链接中都有 isA 关系。此外，GO:345 指向具有 partOf 关系的术语 GO:567。
现在，GO:567 的等级是多少？2是因为根指向它吗？还是 3 因为根的儿子指向它？我应该如何在图表的级别和类型上处理这种情况？
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您提出的问题直接源于 GO 的语义。它是一个有向无环图 (DAG)，因此节点没有深度或级别的单一定义。如果您想要一个一致的定义，您可以选择使用 min(depth) 或 max(depth)，但这对于您的应用程序可能不是一个好的选择，您没有描述。同样，图的边缘具有描述不同生物学关系的不同属性（“是”、“一部分”和“调节”）。
您如何最好地处理这些属性取决于您想要完成什么或您想要对数据进行什么查询。由于 GO 术语对基因的注释密度在不同生物体和术语之间差异很大，因此您最好考虑衡量特定上下文中注释信息量的指标，而不是图中的“深度”。