我们正在构建一个基于ASP.NET MVC 4和微软新的轻量级组合容器的组合应用程序框架。我们的团队将基于此框架交付产品。然后，客户 IT 部门可以自由地将应用程序的某些部分换成他们自己开发的定制部分。在此过程中，客户会将我们的版本升级作为其支持合同的一部分。
我们遇到的困难在于包和依赖管理领域。NuGet 似乎是微软世界的事实上的标准。然而，它似乎专注于设计时的硬设置参考。在我们的场景中，我们几乎没有设计时依赖项，因为一切都是基于接口的。具体实现在运行时才知道，并且可以由客户更改。
是否有管理此类环境的工具或最佳实践？有没有人根据他们对这种情况的经验提出建议？