2

我刚刚开始了解 PCA，我希望将它用于超过 4,00,000 行的巨大微阵列数据集。我有样本形式的列，以及基因/基因座形式的行。我确实浏览了一些关于使用 PCA 的教程，并且遇到了 princomp() 和 prcomp() 以及其他一些。

现在，正如我在这里了解到的那样，为了在双图中绘制“样本”，我需要将它们放在行中，将基因/基因座放在列中，因此我必须在将数据用于主成分分析。

但是，由于行数超过 4,00,000，我无法将它们转换为列，因为列是有限的。所以我的问题是，有没有办法使用这些 R 函数对我的数据执行 PCA 而不转置它？如果没有，你们中的任何人都可以建议我这样做的任何其他方式或方法吗？

4

1 回答 1

5

为什么你讨厌转置你的数据？这简单！

如果您将数据读入 R （例如作为 matrix microarray.data），您可以只用一个命令转置它们：

transposed.microarray.data<-t(microarray.data)
于 2012-09-27T16:39:21.007 回答