r - R包iGraph中的循环

Question

使用 iGraph，我如何用圆形曲线表示自反节点？默认情况下，这些曲线由收缩或泪滴形环表示。

Answer 1

正如 Spacedman 所说，你需要做一些编程才能做到这一点。您可以绘制没有自环的图，然后添加它们（图基本上是散点图，您可以使用points和类似的函数向它们添加线），但这并非易事（特别是因为您需要知道节点的边缘，不是他们的中心）并且会导致自循环被绘制在其他所有看起来不太好的东西之上。

这个周末我更新qgraph了自循环的工作原理。qgraph可以用来绘制网络并且应该很好地与igraph. 例如：

# An adjacency matrix:
A <- matrix(1,3,3)

library("igraph")
# igraph graph and layout:
Graph <- graph.adjacency(A)
Layout <- layout.circle(Graph)

# Plot in qgraph:
library("qgraph")
qgraph(get.adjacency(Graph,sparse=FALSE),layout=Layout,diag=TRUE,directed=TRUE)

我对这些自循环的结果非常满意，而且它们似乎更符合您的描述。所以这可能是一个选择。但是，我的循环是硬编码的。作为参考，我使用内部函数计算节点的边缘（循环的起点和终点），并使用内部函数qgraph:::Cent2Edge计算循环的形状（样条线）qgraph:::SelfLoop。

Answer 2

在里面plot.igraph你可以看到循环是使用一个plot.bezier函数绘制的，并且所有的控制都是在那里硬编码的。您必须重写大块的plot.igraph来调用plot.circle您必须编写的函数来执行此操作。

另外，我猜你不想要完整的圆圈，而是从顶点符号（其中包含顶点编号的默认蓝色圆圈）边缘开始并在另一部分结束（可能带有箭头）的圆段顶点符号的边缘？或者你想要像贝塞尔泪珠环那样接触符号的圆圈吗？

无论哪种方式，答案似乎都是“不，不是不做一些编程或向 igraph 家伙提交功能请求”

我发布了一个较早的答案，说涉及布局函数，但这不是真的 - 布局函数只定位顶点，绘制边缘是 plot.igraph 的工作。