r - 如何在 R 中创建分类散点图，如箱线图？

Question

有谁知道如何创建散点图以在 PRISM 的图形板中R创建像这样的图：

我尝试使用箱线图，但它们没有按照我想要的方式显示数据。graphpad 可以生成的这些列散点图对我来说更好地显示了数据。

任何建议，将不胜感激。

Answer 1

正如@smillig 提到的，您可以使用 ggplot2 来实现这一点。下面的代码很好地再现了您所追求的情节 - 警告它非常棘手。首先加载 ggplot2 包并生成一些数据：

library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))

接下来更改默认主题：

theme_set(theme_bw())

现在我们建立情节。

1. 构造一个基础对象 - 不绘制任何内容：

   g = ggplot(dd, aes(type, values))
   

2. 补充几点：根据类型调整默认抖动并更改字形：

   g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1))
   

3. 添加“盒子”：计算盒子的结束位置。在这种情况下，我选择了平均值。如果您不想要该框，请省略此步骤。

   g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
           geom="bar", fill="white", colour="black")
   

4. 添加一些误差线：计算上限/下限并调整条形宽度：

   g  = g + stat_summary(
           fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
           fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i),
           geom="errorbar", width=0.2)
   

5. 显示绘图

   g
   

1. 在我上面的 R 代码中，我曾经stat_summary即时计算所需的值。您还可以创建单独的数据框并使用geom_errorbarand geom_bar。
2. 要使用 base R，请查看我对这个问题的回答。

Answer 2

如果您不介意使用该软件包，有一种简单的方法可以使用和ggplot2制作类似的图形。使用示例数据：geom_boxplotgeom_jittermtcars

library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) 
p + geom_boxplot() + geom_jitter() + theme_bw()

生成以下图形：

可以在此处查看文档：http: //had.co.nz/ggplot2/geom_boxplot.html

Answer 3

我最近遇到了同样的问题，并找到了自己的解决方案，使用ggplot2. 例如，我创建了数据集的一个子chickwts集。

library(ggplot2)
library(dplyr)
data(chickwts)
Dataset <- chickwts %>%
            filter(feed == "sunflower" | feed == "soybean")

由于geom_dotplot()无法将点更改为符号，我使用geom_jitter()如下：

Dataset %>%
    ggplot(aes(feed, weight, fill = feed)) +
    geom_jitter(aes(shape = feed, col = feed), size = 2.5, width = 0.1)+
    stat_summary(fun = mean, geom = "crossbar", width = 0.7,
             col = c("#9E0142","#3288BD")) +
    scale_fill_manual(values = c("#9E0142","#3288BD")) +
    scale_colour_manual(values = c("#9E0142","#3288BD")) +
    theme_bw()

这是最后的情节：

有关更多详细信息，您可以查看此帖子：

http://withheadintheclouds1.blogspot.com/2021/04/building-dot-plot-in-r-similar-to-those.html?m=1