r - 建立网络的相关矩阵

Question

我已经将 R 中的 MixOmics 包用于两个矩阵（典型相关分析），并且我有一个结果相关矩阵。我想根据获得的结果建立一个相关网络。我之前想过使用基因集相关性分析包，但我不知道如何安装它，并且互联网上没有资源可以在 R 中安装它（http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA /)。

您还可以建议我可以使用哪些其他软件包来构建以相关矩阵作为输入的网络吗？我想到了 Rgraphviz，但不知道是否可能。

Answer 1

主要从我之前在https://stackoverflow.com/a/7600901/567015的答案中复制此答案

该qgraph软件包主要用于将相关矩阵可视化为网络。这会将变量绘制为节点，将相关性绘制为连接节点的边。绿色边缘表示正相关，红色边缘表示负相关。边缘越宽越饱和，绝对相关性越强。

例如（这是帮助页面的第一个示例），以下代码将绘制 240 个变量数据集的相关矩阵。

library("qgraph")
data(big5)
data(big5groups)
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE)
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2)

您还可以将强相关节点聚集在一起（使用 Fruchterman-Reingold），这样可以非常清晰地显示相关矩阵的结构实际上是什么样的：

有关详细介绍，请查看http://www.jstatsoft.org/v48/i04/paper

Answer 2

您可能还想查看 CRAN 上的network和sna包。两者都包括将矩阵转换为网络数据对象的工具。