我需要修改现有的 APK，修改源代码，然后重新编译。
但是现在我想知道如何重新编译java文件并将它们放回jar文件中！（jar部分应该很简单，主要问题似乎是如何为android重新编译java文件）
我知道另一种解决方案是使用apktool，然后修改smali文件，但是当我们要添加大量代码时，它似乎真的很复杂！
我的应用程序是一个基本的 HelloWorld whitout 混淆。
多亏了 Chris Jester-Young，我设法让它工作了！
我认为我设法做到这一点的方式只适用于非常简单的项目：
使用 apktool 我得到了 android 清单和资源文件。
在 Eclipse 中，我创建了一个与旧项目具有相同设置的新项目（检查清单文件中的所有信息）
/!\ 确保您从设备中删除了旧的 apk，将会抛出一个错误，指出 apk 签名与旧的不同！
我知道这个问题仍然得到了回答，我想传递一个信息，如何在没有 dexjar 的情况下从 apk 获取源代码。
我不知道这有多可靠。
@darkheir答案是进行反编译 apk 的手动方式。它有助于我们了解 Apk 创建的不同阶段。
获得源代码后，请按照接受的答案中提到的步骤进行操作
在此链接上报告这么多广告
另一个在线 Apk 反编译器@Andrew Rukin：http ://www.javadecompilers.com/apk
还是值得的。向创作者致敬。
答案已经有点过时或不完整。这可能适用于不受保护的 apk（没有 Proguard），但现在没有人部署不受保护的 apk。我能够修改（我的）受到良好保护的apk（Proguard，检查“黑客工具”的安全检查，检查应用程序是否以调试模式重新打包的安全检查，...）的方式是通过apktool作为这里的其他人已经提到过。但没有人解释，你必须再次签署该应用程序。
apktool d app.apk
//generates a folder with smali bytecode files.
//Do something with it.
apktool b [folder name] -o modified.apk
//generates the modified apk.
//and then
jarsigner -verbose -sigalg SHA1withRSA -digestalg SHA1 -keystore ~/.android/debug.keystore modified.apk androiddebugkey
//signs the app the the debug key (the password is android)
//this apk can be installed on a device.
在我的测试中，原始版本的 apk 没有日志记录。在我用 apktool 反编译后，我交换了一个完整的字节代码文件，而不用一个完整的字节代码文件记录，重新编译并签名它，我能够将它安装在我的设备上。之后，当我将应用程序连接到它时，我能够在 Android Studio 中看到日志。
在我看来，使用dex2jarandJD-GUI进行反编译只会有助于更好地理解类在做什么，只是为了阅读目的。但是由于一切都是预先保护的，我不确定你是否可以将这个半生不熟的 Java 代码重新编译成一个可以工作的 apk。如果是这样，请告诉我。我认为，唯一的方法是操纵字节码本身，如本例中所述。
首先从以下链接下载 dex2jar 工具 http://code.google.com/p/dex2jar/downloads/list
提取它创建dex2jar文件夹的文件
现在您选择您的 apk 文件并在更改扩展名后将其扩展名 .apk 更改为 .zip 它似乎是 zip 文件然后解压缩这个您找到的 zip 文件classes.dex文件
现在选择 classes.dex 文件并将其放入dex2jar文件夹
现在打开cmd窗口并输入dex2jar文件夹的路径
现在输入命令dex2jar.bat classes.dex并按 Enter
现在打开dex2jar你找到 classes_dex2jar.jar文件的文件夹
接下来，您从以下链接 http://java.decompiler.free.fr/?q=jdgui下载 java 反编译器工具
最后一步classes_dex2jar.jar用java反编译工具打开文件现在可以看到apk代码
我知道这个问题已经得到解答，我不想在这里给出更好的答案。我只是分享我在这个主题上的经验。
一旦我丢失了我的代码并且我只有apk文件。我使用下面的工具对它进行了反编译，这让我很开心。
这些工具必须在这种情况下使用，否则，这是不道德的，甚至有时是非法的（窃取别人的努力）。所以请明智地使用它。
这些是我最喜欢的工具：
要从 google play 获取 apk，您可以 google 或查看这些网站：
在发布此答案之日，我测试了所有链接，它对我来说非常完美。
注意： Apk 反编译在 proguarded 代码的情况下无效。因为Proguard 会缩小和混淆代码并将类重命名为无意义的名称，这使得理解代码变得相当困难。
奖金：
带有jd-gui的dex2jar将提供所有 java 源文件，但它们并不完全相同。它们几乎是等效的 .class 文件（不是 100%）。因此，如果您想更改 apk 文件的代码：
使用apktool反编译
apktool将为每个具有相同名称的 java 文件生成 smali（dex 的汇编版本）文件。
smali 是人类可以理解的，在相关文件中进行更改，使用相同的apktool ( apktool b Nw.apk <Folder Containing Modified Files>)重新编译
这是一种方式：
用于apktool解码：
$ apktool d -f {apkfile} -o {output folder}
接下来，使用 JADX（在 github.com/skylot/jadx）
$ jadx -d {output folder} {apkfile}
2个工具提取和反编译到相同的输出文件夹。