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我在 perl 方面没有经验，我很难解决这个错误。任何帮助表示赞赏。脚本如下（第40行报告的问题，粗体）：

#! /usr/bin/perl

print "Please enter filename (without extension): ";
$input = <>;
chomp ($input);

print "Please enter total no. of sequence in fasta file: ";
$orig_size= <>*2-1;
chomp ($orig_size);

open (INFILE, "$input.fasta") or die "Error opening input file for shuffling!";
open (SHUFFLED, ">"."$input"."_shuffled.fasta") or die "Error creating shuffled output file!";

@array = (0); # Need to initialise 1st element in array1&2 for the shift function
@array2 = (0);
$i = 1;
$index = 0;
$index2 = 0;

while (my @line=<INFILE>){
    while ($i<=$orig_size) { 

    $array[$i] = $line[$index];
    $array[$i]=~ s/(.)\s/$1/seg;

    $index++;
    $array2[$i] = $line[$index];
    $array2[$i]=~ s/(.)\s/$1/seg;

    $i++;
    $index++;
    }
}

my $array = shift (@array); 
**my $array2 = shift (@array2);**
for ($i = $header_size; --$i; ) { 
    my $j = int rand ($i+1);
    next if $i == $j;
    @array[$i,$j] = @array[$j,$i];
    @array2[$i,$j] = @array2[$j,$i];
}

while ($index2<=$header_size) { 
    print SHUFFLED "$array[$index2]\n";
    print SHUFFLED "$array2[$index2]\n";
    $index2++;
}
close(INFILE);
close(SHUFFLED);
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错误：

Modification of non-creatable array value attempted

如此处所述：

你试图让一个数组值出现，并且下标可能是负数，甚至从数组的末尾向后计数。

让我相信你算错了你的行数，它指的是这个块：

for ($i = $header_size; --$i; ) {

这意味着您将循环走得太远，并且$i已经变成负数，并且超出了数组的大小。它的原因$header_size是未定义（转换为零）。附带说明一下，如果您使用了适当的 for 循环，则不会存在此问题：

for ($i = $header_size; $i >= 0; $i--)

或者更好的是，一个 perl 风格的循环：

for my $i (0 .. $header_size)

即使这会以相反的顺序迭代，在这种情况下也没关系。

你的代码对我来说有点难以辨认，但我认为这个块是为了打乱你的数组。为此，最好使用List::Util模块中的shuffle函数。它是 perl v5.7.3 以来的核心模块。例如

use List::Util qw(shuffle);
...
my @shuffled_indexs = shuffle 0..$#array;
@array  = @array [@shuffled_indexes];
@array2 = @array2[@shuffled_indexes];

值得重复的是，编写代码而不使用

use strict;
use warnings;

确实是一个非常糟糕的主意。它将允许无声的错误和拼写错误，并且会使您的调试变得更加困难。

于 2012-09-10T19:06:50.820 回答