r - Golub 白血病数据集：与 HUGO 符号（或其他）关联的 ID

Question

我很难将 Affy id 转换为其他一些标准符号以进行进一步处理：我正在使用的数据是白血病数据集（Golub 等人，1999 年）。我使用从 Bioconductor 项目中检索到的 golubEsets 数据集。

我尝试了本教程（http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf）

# library for annotation
library("annotate")
library("hgu95av2.db")
library("GO.db")
#library for golub data set
library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
geneids <- featureNames(Golub_Merge)
# retrieve something usefull (e.g. gene name)
mget(geneids, hgu95av2GENENAME)

这会产生很多错误，因为在数据库中找不到 Golub 数据集中的大多数 Affy id。特别是对于这个数据集，我在哪里可以找到一些标准符号（HUGO？）——因为我需要它们进行进一步的分析。

谢谢！

Answer 1

Golub 数据集不是由 hgu95av2 affymetrix 芯片生成的。它使用较旧的hu6800。

只需在 R 命令行中键入 Golub_Merge 即可为您提供摘要信息并将 Annotation 字段列为“Annotation: hu6800”

有关正确的注释库，请参阅http://bioconductor.org/packages/2.6/data/annotation/html/hu6800.db.html。