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我试图在一个长二进制字符串中找到二进制 5-mers 的计数。也就是说，给定一个字符串 say: seq='000111100101101' ，我想计算每个 5-mer 出现的次数。我很容易生成了所有 32 次迭代的列表：

import re
from itertools import product  
combo = [ ''.join(x) for x in product('01', repeat=5) ]

我现在的问题是计算重叠中每个组合的出现次数。（也就是说，我想检查长度为 5 的重叠窗口：0:4、1:5、2:6、3:7...（序列长度为 4 窗口的总和）。我不确定该怎么做所以以一种计算重叠窗口的方式。（combo[i] = seq.count(i) 似乎不起作用）。

谢谢！

示例 给定 seq 的期望输出：

seq: '11111101'
Combos: (11111 :2 ,  11101 :1 , 11110 :1)
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简单的python实现defaultdict：

from collections import defaultdict
def C(s):
  d = defaultdict(int)
  for i in xrange(len(s)-4):
    d[s[i:i+5]] += 1
  return d

 C('010100101010101001111010000000001')
于 2012-09-05T18:09:20.120 回答