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我有一个蛋白质序列的FASTA文件。我想查找文件中是否存在序列 hxxhcxc，如果是，则打印拉伸。这里，h=疏水，c=带电，x=任何（包括剩余的）残基/s。如何在 Perl 中做到这一点？

我能想到的是制作 3 个阵列——疏水的、带电的和所有的残基。将每个数组与具有 FASTA 序列的文件进行比较。除此之外，我想不出什么，尤其是如何维持秩序——这是主要的。我是 Perl 的初学者，所以请让解释尽可能简单。

PS：由于这只是一个序列，我可以简单地将内容复制到 .txt 文件，没有强制使用 fasta 文件（在这种情况下）。疏水和带电残基（氨基酸） - 有 9 个疏水残基和 5 个带电残基。正如您提到的，它是大写单字母的氨基酸名称。所以我想做的是在蛋白质序列（.txt文件/fasta文件）中按顺序找到一个序列：疏水，任何，任何，疏水，带电，任何，带电（hxxhcxc）。我努力重新提出我的问题——希望我现在好一点了。

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我对 Fasta 文件不熟悉，但正则表达式当然看起来像是要走的路。

用言语

如果您open要读取文件，则可以逐行处理文件，print仅 -ing 那些if与您指定的正则表达式匹配的行。

在代码中

use strict;
use warnings;
use autodie;

open my $fh, '<', 'file.fasta';           # Open filehandle in read mode

while ( my $line = <$fh> ) {              # Loop over line by line

    print $line                           # Print line if it matches pattern
      if $line =~ /h..hc.c/;              # '.' in a regular expression matches
                                          # (almost) anything
}

close $fh;                                # Close filehandle
于 2012-09-03T12:52:01.243 回答
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所以，你必须决定哪些是“疏水”氨基酸，但让我们从 V(aline)、I(soleucine)、L(eucine)、F、W 或 C 开始。

带电荷的氨基酸是 E、D、R 或 K。使用它你可以定义一个正则表达式（你会在下面看到它）

如果您只是在文本文件中有整个序列，请像这样解析它：

#!/usr/bin/perl

open(IN, "yourfile.txt") || die("couldn't open the file: $!");

$sequence = "";

while(<IN>) {
   chomp();
   $sequence .= $_;
}

if($sequence =~ /[VILFWC]..[VILFWC][EDRK].[EDRK]/) {
  print "Found it!\n";
} else {
  print "Not there\n";
}
于 2013-06-20T06:04:51.033 回答