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我正在编写一个程序，我可以在其中反转序列并将所有 As 替换为 Ts，将所有 Cs 替换为 Gs，将所有 Gs 替换为 Cs，并将所有 Ts 替换为 As。该程序是读取一个碱基序列并输出反向补码序列。我很难做到这一点，所以任何人都可以通过查看我的代码来帮助我：

word = raw_input("Enter sequence: ")
a = word.replace('A', 'T')
b = word.replace('C', 'G')
c = word.replace('G', 'C')
d = word.replace('T', 'A')
if a == word and b == word and c == word and d == word:
    print "Reverse complement sequence: ", word

我想要这种输出：

Enter sequence: CGGTGATGCAAGG
Reverse complement sequence: CCTTGCATCACCG

问候

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我可能会做类似的事情：

word = raw_input("Enter sequence:")

# build a dictionary to know what letter to switch to
swap_dict = {'A': 'T', 'T': 'A', 'C': 'G', 'G': 'C'}

# find out what each letter in the reversed word maps to and then join them
newword = ''.join(swap_dict[letter] for letter in reversed(word))

print "Reverse complement sequence:", newword

我不太明白你的if说法，但上面的代码通过循环每个字母，决定它应该变成什么，然后组合结果来避免需要一个。这样每个字母只会被转换一次。

编辑：哎呀，我没有注意到你也想反转字符串。固定的。

于 2012-09-02T03:35:57.633 回答
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您编写的代码有问题，因为步骤 1 和 4 彼此相反。因此它们不能在完全独立的步骤中完成：您将所有 As 转换为 T，然后在步骤 4 中将这些（加上原始 T）转换为 As。

对于一些简单的、内置的和-希望-高效的东西，我会考虑使用 string 模块中的翻译表：

import string
sequence = "ATGCAATCG"
trans_table = string.maketrans( "ATGC" , "TACG")
new_seq = string.translate( sequence.upper() , trans_table )
print new_seq

这给出了所需的输出：

'TACGTTAGC'

尽管我怀疑您的用户是否会忘记将所有字母大写，但确保输入符合预期格式是一种很好的做法；因此使用了 sequence.upper()。转换表中未包含转换的任何字母/碱基将不受影响：

>>> string.translate( "AEIOUTGC" , trans_table )
'TEIOUACG'

至于逆补序列？您可以在输出字符串上使用切片表示法简洁地做到这一点，步长为 -1：

>>> new_seq[::-1]
'CGATTGCAT'
于 2012-09-02T03:46:05.323 回答
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因此，如果我了解您想要做什么，您想要交换所有 Ts 和 As 以及交换所有 Gs 和 Cs ，并且您想要反转字符串。

好的，首先，让我们来反转字符串，这是您尚未实现的。不幸的是，没有明显的方法可以做到这一点，但是这个关于如何在 python 中反转字符串的 SO question应该会给你一些想法。最好的解决方案似乎是

reversedWord = word[::-1]

接下来，您需要交换字母。您不能在同一个字符串上调用replace("T", "A") and replace("A","T")，因为这会使您的 As 和 Ts 都设置为 T。您似乎已经认识到这一点，但是您为每次交换使用单独的字符串，并且永远不要将它们组合在一起。相反，您需要遍历字符串，一次一个字母并检查。像这样的东西：

swappedWord = "" #start swapped word empty
for letter in word: #for every letter in word
    if letter  == "A": #if the letter is "A"
        swappedWord += "T" #add a "T
    elif letter  == "T": #if it's "T"
        swappedWord += "A" #add an "A"
    elif letter  == "C": #if it's "C"
        ... #you get the idea

    else: #if it isn't one of the above letters
        swappedWord += letter #add the letter unchanged

（编辑- DSM 的基于字典的解决方案比我的解决方案更好。我们的解决方案非常相似，尽管我们都查看每个字符并决定交换的字符应该是什么，但 DSM 的更紧凑。但是，我仍然觉得我的解决方案是有助于帮助您了解 DSM 解决方案的总体思路。DSM 使用字典来快速简单地返回正确的字母，而不是我的大 if 语句。DSM 还将它折叠成一行。）

您的 if 语句不起作用的原因是您基本上是在说“如果 a、b、c、d 和 word 都完全相同”，因为==意味着“相等”并且如果 a 等于 word 和 b等于 word 那么 a 必须等于 b。这只有在字符串没有 As、Ts、Cs 或 Gs 时才成立（即单词没有被交换更改），因此您永远不会打印输出。

于 2012-09-02T03:41:01.470 回答